+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lwz | ||||||
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Title | Apo Structure of Vibrio cholerae dGTPase protein VC1979 | ||||||
Components | Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein 1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / METALLOENZYME / METAL BINDING PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae serotype O1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.32 Å | ||||||
Authors | Sikkema, A.P. / Horng, J. / Klemm, B.P. / Schaaper, R.M. / Hall, T.M.T. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of Vibrio cholerae dGTPase protein VC1979 Authors: Sikkema, A.P. / Horng, J. / Klemm, B.P. / Schaaper, R.M. / Hall, T.M.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lwz.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7lwz.ent.gz | 767.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lwz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/7lwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/7lwz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2pgsS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50159.805 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae serotype O1 (bacteria) / Strain: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / Gene: VC_1979 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9KQL9 #2: Chemical | ChemComp-NI / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.2 % Description: Crystal were approximately 200um with an orthorhombic pyramidal morphology. Grew under precipitate. |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: Protein solution (15mg/mL dGTPase, 50mM Tris pH 7.9, 100mM NaCl, 10% glycerol) mixed 1:1 with well solution (0.95M NaCl, 7mM NiCl2, 0.06M Na Acetate). Cryo condition was well solution with ...Details: Protein solution (15mg/mL dGTPase, 50mM Tris pH 7.9, 100mM NaCl, 10% glycerol) mixed 1:1 with well solution (0.95M NaCl, 7mM NiCl2, 0.06M Na Acetate). Cryo condition was well solution with 30% ethylene glycol added. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 19, 2019 |
Radiation | Monochromator: double crystal - liquid nitrogen cooled / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.32→37.86 Å / Num. obs: 270862 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 65.21 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 11.15 |
Reflection shell | Resolution: 2.32→2.46 Å / Redundancy: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 42766 / CC1/2: 0.481 / Rrim(I) all: 1.64 / % possible all: 98.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2PGS Resolution: 2.32→37.86 Å / SU ML: 0.4081 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 31.1055 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 79.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.32→37.86 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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