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- PDB-7lwh: Human neurofibromin 2/merlin residues 1-339 in complex with LATS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lwh
タイトルHuman neurofibromin 2/merlin residues 1-339 in complex with LATS1
要素
  • Merlinマーリン
  • Serine/threonine-protein kinase LATS1
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / actin (アクチン) / cancer (悪性腫瘍) / cell junction (細胞結合) / cell migration (遊走) / cell signaling / inositol phospholipid (ホスファチジルイノシトール) / neurofibromatosis type 2 / plasma membrane (細胞膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


inner cell mass cell fate commitment / inner cell mass cellular morphogenesis / regulation of hippo signaling / regulation of organelle assembly / regulation of gliogenesis / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of early endosome to late endosome transport / sister chromatid segregation / Schwann cell proliferation / osteoblast proliferation ...inner cell mass cell fate commitment / inner cell mass cellular morphogenesis / regulation of hippo signaling / regulation of organelle assembly / regulation of gliogenesis / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of early endosome to late endosome transport / sister chromatid segregation / Schwann cell proliferation / osteoblast proliferation / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cytoplasmic sequestering of protein / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of osteoblast proliferation / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to early endosome / ectoderm development / lens fiber cell differentiation / regulation of neural precursor cell proliferation / hippo signaling / regulation of stem cell proliferation / regulation of actin filament polymerization / mammary gland epithelial cell differentiation / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cell-cell junction organization / regulation of organ growth / regulation of protein localization to nucleus / filopodium membrane / Signaling by Hippo / negative regulation of protein localization to nucleus / negative regulation of MAPK cascade / cortical actin cytoskeleton / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of cell-cell adhesion / RHO GTPases activate PAKs / odontogenesis of dentin-containing tooth / 分裂溝 / mesoderm formation / regulation of protein-containing complex assembly / keratinocyte differentiation / positive regulation of stress fiber assembly / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of cell migration / filopodium / nuclear estrogen receptor binding / hippocampus development / positive regulation of cell differentiation / 接着結合 / regulation of protein stability / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / G1/S transition of mitotic cell cycle / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / 紡錘体 / G2/M transition of mitotic cell cycle / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / integrin binding / apical part of cell / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / lamellipodium / actin binding / cell body / regulation of cell shape / midbody / actin cytoskeleton organization / regulation of apoptotic process / エンドソーム / 細胞骨格 / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / 細胞分裂 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / 核小体 / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase LATS1, catalytic domain / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin-like ...: / Serine/threonine-protein kinase LATS1, catalytic domain / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / UBA/TS-N domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / FERM domain signature 2. / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / UBA-like superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
イミダゾール / Serine/threonine-protein kinase LATS1 / マーリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.606 Å
データ登録者Primi, M.C. / Rangarajan, E.S. / Izard, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)
引用ジャーナル: Matrix Biol Plus / 年: 2021
タイトル: Conformational flexibility determines the Nf2/merlin tumor suppressor functions.
著者: Primi, M.C. / Rangarajan, E.S. / Patil, D.N. / Izard, T.
履歴
登録2021年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Merlin
B: Serine/threonine-protein kinase LATS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1606
ポリマ－42,8612
非ポリマー2994
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.241, 84.241, 95.859
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Merlin / マーリン / Moesin-ezrin-radixin-like protein / Neurofibromin-2 / Schwannomerlin / Schwannomin


分子量: 40207.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NF2, SCH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P35240
#2: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein kinase LATS1 / Large tumor suppressor homolog 1 / WARTS protein kinase / h-warts


分子量: 2653.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: O95835, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 600 mM imidazole (pH 6.5), 15% (w/v) polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→63.3 Å / Num. obs: 55750 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2710 / CC1/2: 0.877 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCdata processing
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4zrk

4zrk


解像度: 1.606→63.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU R Cruickshank DPI: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.101 / SU Rfree Blow DPI: 0.097 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.091
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2325 2748 -RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.2064 55750 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1184 Å20 Å20 Å2
2---9.0257 Å20 Å2
3---5.9073 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.606→63.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2821 0 21 423 3265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083001HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.874049HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1117SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes530HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3001HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion370SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2937SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.78
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.62 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3008 62 -
Rwork0.2311 --
obs0.2351 1115 97.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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