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万見
- PDB-7lqt: Solution NMR structure of the PNUTS amino-terminal Domain fused t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lqt
タイトルSolution NMR structure of the PNUTS amino-terminal Domain fused to Myc Homology Box 0
要素Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10,Myc proto-oncogene protein fusion
キーワードNUCLEAR PROTEIN / PP1-PNUTS phosphatase complex / Regulatory Subunit / c-MYC oncoprotein / Myc Box 0
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate transport / cellular response to arsenite(3-) / cellular response to dimethyl sulfoxide / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / canonical Wnt signaling pathway involved in positive regulation of apoptotic process / canonical Wnt signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process / negative regulation of mitotic DNA damage checkpoint / cellular response to putrescine / : / Estrogen-dependent gene expression ...pyruvate transport / cellular response to arsenite(3-) / cellular response to dimethyl sulfoxide / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / canonical Wnt signaling pathway involved in positive regulation of apoptotic process / canonical Wnt signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process / negative regulation of mitotic DNA damage checkpoint / cellular response to putrescine / : / Estrogen-dependent gene expression / fungal-type cell wall polysaccharide metabolic process / cellular response to growth hormone stimulus / cellular response to cycloheximide / lactic acid secretion / re-entry into mitotic cell cycle / positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / cellular response to endothelin / 排卵 / cellular response to xenobiotic stimulus => GO:0071466 / : / inner mitochondrial membrane organization / cellular response to interferon-alpha / : / flavonoid metabolic process / response to human chorionic gonadotropin / positive regulation of B cell apoptotic process / regulation of somatic stem cell population maintenance / PTW/PP1 phosphatase complex / cellular response to prolactin / cellular response to carbohydrate stimulus / Ub-specific processing proteases / cellular response to lectin / positive regulation of cellular respiration / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / G0 to G1 transition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / negative regulation of cell division / protein phosphatase 1 binding / negative regulation of monocyte differentiation / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / cellular response to hydrostatic pressure / regulation of oxidative phosphorylation / positive regulation of telomere maintenance / B cell apoptotic process / cellular response to testosterone stimulus / positive regulation of oxidative phosphorylation / negative regulation of glucose import / response to alkaloid / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / amino acid transport / middle ear morphogenesis / cellular response to angiotensin / positive regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of telomere maintenance / skeletal system morphogenesis / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / 顔料 / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / protein phosphatase inhibitor activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / branching involved in ureteric bud morphogenesis / hypothalamus development / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of ATP biosynthetic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / transformation of host cell by virus / E-box binding / skeletal muscle cell differentiation / cellular response to cytokine stimulus / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cellular response to organic cyclic compound / chromosome organization / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of DNA binding / cellular response to interleukin-1 / cellular response to estrogen stimulus / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell cycle / core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of fibroblast proliferation / cellular response to retinoic acid / ovarian follicle development / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of telomerase activity / cellular response to epidermal growth factor stimulus / regulation of mitotic cell cycle / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of glycolytic process / negative regulation of protein binding / DNA-templated transcription initiation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation / liver regeneration / response to gamma radiation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / ユークロマチン / response to radiation / protein processing
類似検索 - 分子機能
Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / Myc amino-terminal region / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription factor IIS, N-terminal ...Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / Myc amino-terminal region / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS N-terminal domain profile. / Zinc finger, CCCH-type superfamily / ジンクフィンガー / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10 / Myc proto-oncogene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Lemak, A. / Wei, Y. / Duan, S. / Houliston, S. / Penn, L.Z. / Arrowsmith, C.H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: The MYC oncoprotein directly interacts with its chromatin cofactor PNUTS to recruit PP1 phosphatase.
著者: Wei, Y. / Redel, C. / Ahlner, A. / Lemak, A. / Johansson-Akhe, I. / Houliston, S. / Kenney, T.M.G. / Tamachi, A. / Morad, V. / Duan, S. / Andrews, D.W. / Wallner, B. / Sunnerhagen, M. / ...著者: Wei, Y. / Redel, C. / Ahlner, A. / Lemak, A. / Johansson-Akhe, I. / Houliston, S. / Kenney, T.M.G. / Tamachi, A. / Morad, V. / Duan, S. / Andrews, D.W. / Wallner, B. / Sunnerhagen, M. / Arrowsmith, C.H. / Penn, L.Z.
履歴
登録2021年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10,Myc proto-oncogene protein fusion


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3911
ポリマ－19,3911
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10,Myc proto-oncogene protein fusion / MHC class I region proline-rich protein CAT53 / Phosphatase 1 nuclear targeting subunit / Protein ...MHC class I region proline-rich protein CAT53 / Phosphatase 1 nuclear targeting subunit / Protein PNUTS / Proto-oncogene c-Myc / Transcription factor p64


分子量: 19391.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ppp1r10, Cat53, Pnuts, Myc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O55000, UniProt: P09416

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
171isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
161isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
121isotropic13D HN(CO)CA
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HNCO
1101isotropic13D HBHA(CO)NH
191isotropic13D HN(CA)CO
181isotropic23D 1H-15N NOESY
1121isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1131isotropic23D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 20 mM HEPES, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 5 % glycerol, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] labeled protein, 95% H2O/5% D2O
詳細: Buffered protein solution / Label: labeled protein / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMHEPESnatural abundance1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
5 %glycerolnatural abundance1
400 uMlabeled protein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
試料状態詳細: 400 uM protein in a 3 mM tube / イオン強度: 200 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.9 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
FMCGUIA. Lemak & C.H. Arrowsmithchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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