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- PDB-7lnh: S-adenosylmethionine synthetase co-crystallized with UppNHp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lnh
タイトルS-adenosylmethionine synthetase co-crystallized with UppNHp
要素S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / S-adenosylmethionine synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / メチル化 / protein heterooligomerization / protein hexamerization / small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process ...methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / メチル化 / protein heterooligomerization / protein hexamerization / small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YQP / S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tan, L.L. / Jackson, C.J.
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2021
タイトル: Substrate Dynamics Contribute to Enzymatic Specificity in Human and Bacterial Methionine Adenosyltransferases.
著者: Gade, M. / Tan, L.L. / Damry, A.M. / Sandhu, M. / Brock, J.S. / Delaney, A. / Villar-Briones, A. / Jackson, C.J. / Laurino, P.
履歴
登録2021年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
B: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2545
ポリマ－87,4412
非ポリマー8133
水50428
1
A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
B: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
B: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,50810
ポリマ－174,8834
非ポリマー1,6266
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area15260 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area49090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.191, 144.191, 188.196
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II


分子量: 43720.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-YQP / (2~{S})-2-azanyl-4-[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-methyl-$l^{3}-sulfanyl]butanoic acid


分子量: 375.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21N3O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.91 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 10% ethylene glycol PEG3350 10%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.4 Å / Num. obs: 40572 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 39 % / Biso Wilson estimate: 74.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 4502 / CC1/2: 0.567

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A1G

5a1g


解像度: 2.5→39.4 Å / SU ML: 0.4456 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.6384
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2459 2078 5.15 %
Rwork0.2194 38274 -
obs0.2208 40352 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 103.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5917 0 54 28 5999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216240
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51538447
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433941
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031094
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.86732297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.560.52771320.48572445X-RAY DIFFRACTION97.91
2.56-2.620.46471290.43072519X-RAY DIFFRACTION98.99
2.62-2.690.34641290.39992504X-RAY DIFFRACTION99.4
2.69-2.770.37151450.35542485X-RAY DIFFRACTION99.51
2.77-2.860.34131420.32252497X-RAY DIFFRACTION99.51
2.86-2.960.311470.32162512X-RAY DIFFRACTION99.63
2.96-3.080.33191440.30142526X-RAY DIFFRACTION99.59
3.08-3.220.30491350.27732516X-RAY DIFFRACTION99.47
3.22-3.390.33541240.25962542X-RAY DIFFRACTION99.55
3.39-3.60.2711260.24442568X-RAY DIFFRACTION99.45
3.61-3.880.23911300.21172556X-RAY DIFFRACTION99.85
3.88-4.270.20931490.18882556X-RAY DIFFRACTION99.89
4.27-4.890.1881510.16512598X-RAY DIFFRACTION99.93
4.89-6.160.22741360.18612644X-RAY DIFFRACTION99.96
6.16-39.40.20461590.18362806X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.244546278131.73782124199-0.008710529220361.64201916415-1.303346309993.02482429205-0.229077773563-0.3421858180150.2185510392490.144981512699-0.01612833737110.217182778256-0.3778673474160.1114121369250.2290408990980.7390446251940.07487695372680.05568720301880.566669056864-0.01255193165930.4762146912869.27668701919-39.321855120132.2201393686
24.894367516291.42527162578-1.44502085761.67213550335-0.5443889857882.9805889813-0.183884803874-0.4499733877650.6402845923640.0410326597419-0.0302503975515-0.131919162238-0.6495022887650.2539268330810.2133266372651.017956655470.02704739325920.02492112233850.6078746405030.03500939104130.7699251641219.94307146765-37.962229343229.5208231081
36.15936962371-0.913994933427-0.9503265032751.630432910470.9592055203124.45117260978-0.8945872568431.31819551228-0.7361852320810.01041743284320.08038063811920.254711116660.9805963693-0.8158128708460.7486011316521.16816796087-0.2844652741210.2196689059551.15678823392-0.09310325249660.6577771922067.96079205349-51.58094056478.70027301207
43.79264187063-0.218422156203-1.365456244162.38975183337-0.3247028536344.24577997417-0.3050950527690.1768164588670.6004342538540.0002079953515950.312245617087-0.310660334979-0.5854782722760.575508728805-0.03244542194661.00331382935-0.1682876008530.101954326520.7572968008480.02738211065790.65684004639223.4827255656-35.942536627624.282571892
51.29300745928-0.6426030435810.6701661366130.740230266370.2909546627991.537505493720.0541677454573-0.0321661058671-0.03969893733570.0821142363366-0.00691052546866-0.116170348172-0.137745553681-0.144640378407-0.03835317993140.626260800144-0.2190529674640.1216428004690.891476682770.1414409607510.62729110628915.2337741054-56.869940840145.458432837
65.08451904419-4.73299307902-5.320344765314.362614645834.93512855345.488586973020.3214181627191.51065830593-0.641107311532-0.370361837593-1.294868252071.83725113866-0.068740725549-2.956472800250.822804858841.01556675905-0.0463507061833-0.04709211013261.53430130159-0.06801276479540.6685372147638.06580111139-65.965939421626.0225551892
72.2270917897-0.169167006879-0.7490625534792.15665072395-0.2005566121473.14469011409-0.04069921191460.2812007655770.205728052229-0.1317361601040.21398555459-0.165706751468-0.3304155582440.552768766273-0.1729568584730.616301624014-0.3220611509490.1103721949860.9322264212510.1075580283570.73234706259332.301739071-51.609814132137.5827059624
83.078343483140.191252329129-0.2688561422753.249324823820.2223506670863.37546670521-0.3620046968240.627670946357-0.0387244315231-0.6983271144770.563216184883-0.01900698765580.5715492391820.659468876875-0.05882765683260.827879905082-0.2586711697970.1058688832581.107873285090.01364705793040.73112919544929.8320942036-67.314952747526.2374812376
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 15 through 78 )AA15 - 781 - 64
22chain 'A' and (resid 79 through 170 )AA79 - 17065 - 156
33chain 'A' and (resid 171 through 244 )AA171 - 244157 - 230
44chain 'A' and (resid 245 through 395 )AA245 - 395231 - 381
55chain 'B' and (resid 16 through 104 )BC16 - 1041 - 89
66chain 'B' and (resid 105 through 138 )BC105 - 13890 - 141
77chain 'B' and (resid 139 through 333 )BC139 - 333142 - 337
88chain 'B' and (resid 334 through 395 )BC334 - 395338 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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