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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lbx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TFAM (mitochondrial transcription factor A) in complex with LSP | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / mitochondrial transcription / transcription initiation (転写 (生物学)) / mtDNA (ミトコンドリアDNA) / promoter recognition / DNA bending / HMG box / mtDNA packaging / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial respiratory chain complex assembly / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / heat shock protein binding ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial respiratory chain complex assembly / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / heat shock protein binding / response to nutrient / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / response to hypoxia / ミトコンドリアマトリックス / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / ミトコンドリア / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Choi, W.S. / Garcia-Diaz, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022 タイトル: A minimal motif for sequence recognition by mitochondrial transcription factor A (TFAM). 著者: Choi, W.S. / Garcia-Diaz, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lbx.cif.gz | 314.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lbx.ent.gz | 223.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lbx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/7lbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/7lbx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 24450.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFAM, TCF6, TCF6L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ArcticExpress (DE3) / 参照: UniProt: Q00059 |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF
#2: DNA鎖 | 分子量: 6609.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 6893.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 3種, 182分子
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.05 M MgCl2, and 32.5% PEG MME 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→82.6 Å / Num. obs: 21463 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 66.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 29.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.884 / Num. unique obs: 987 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3TQ6 解像度: 2.7→29.12 Å / SU ML: 0.3564 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.3156 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 84.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.12 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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