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万見
- PDB-7l3a: T4 Lysozyme L99A - toluene - cryo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l3a
タイトルT4 Lysozyme L99A - toluene - cryo
要素EndolysinLysin
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / cryo / toluene (トルエン) / L99A
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
トルエン / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Fischer, M. / Bradford, S.Y.C.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: Temperature artifacts in protein structures bias ligand-binding predictions.
著者: Bradford, S.Y.C. / El Khoury, L. / Ge, Y. / Osato, M. / Mobley, D.L. / Fischer, M.
履歴
登録2020年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7132
ポリマ－18,6201
非ポリマー921
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area8640 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.907, 59.907, 96.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-312-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endolysin / Lysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 18620.387 Da / 分子数: 1 / 変異: R12G/I137R/L99A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, リゾチーム
#2: 化合物 ChemComp-MBN / TOLUENE / ベンジリジンラジカル / トルエン


分子量: 92.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals were grown from a 10 mg/mL frozen protein solution by the hanging drop method at 291-293K, with a 1:1 drop ratio of protein to solution and over a well solution of 0.1 M Tris- ...詳細: Crystals were grown from a 10 mg/mL frozen protein solution by the hanging drop method at 291-293K, with a 1:1 drop ratio of protein to solution and over a well solution of 0.1 M Tris-hydrochloride (pH 8), 20%-26% (w/v) PEG 4000, 70-170 mM lithium citrate, 8%-18% 2-propanol, 50 mM 2-mercaptoethanol, and 50 mM 2-hydroxyethyl disulfide
Temp details: 291-293

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.11→45.67 Å / Num. obs: 74260 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.13-1.163.90.6422519170.6
5.05-45.669.50.0284043199.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.06 Å45.67 Å
Translation5.06 Å45.67 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4w51

4w51


解像度: 1.11→45.67 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2032 1993 2.68 %
Rwork0.1835 72267 -
obs0.1841 74260 93.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 50.46 Å2 / Biso mean: 15.9005 Å2 / Biso min: 8.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.11→45.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1289 0 14 168 1471
Biso mean--15.27 26.1 -
残基数----162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7871939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.808541
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005252
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.1101-1.13780.3915930.3561322360
1.1378-1.16860.3851080.3327397573
1.1686-1.2030.36711350.2915461985
1.203-1.24180.30251390.2586514694
1.2418-1.28620.23391500.2212542799
1.2862-1.33770.2341510.2043539899
1.3377-1.39860.18671490.18025493100
1.3986-1.47230.1991490.1726544099
1.4723-1.56460.17891470.14585480100
1.5646-1.68540.16261550.14645538100
1.6854-1.8550.18451490.15195529100
1.855-2.12340.17351520.15375557100
2.1234-2.67520.17441530.16835608100
2.6752-45.670.20691630.19085834100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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