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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kzn | ||||||
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タイトル | Outer dynein arm core subcomplex from C. reinhardtii | ||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN / dynein / microtubule / cilia | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 outer dynein arm / axonemal dynein complex / outer dynein arm assembly / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / dynein light chain binding / cilium movement / motile cilium assembly / dynein heavy chain binding / dynein complex ...outer dynein arm / axonemal dynein complex / outer dynein arm assembly / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / dynein light chain binding / cilium movement / motile cilium assembly / dynein heavy chain binding / dynein complex / cell projection organization / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / ciliary plasm / motile cilium / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / axoneme / microtubule-based process / enzyme regulator activity / microtubule / calcium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Walton, T. / Wu, H. / Brown, A.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure of a microtubule-bound axonemal dynein. 著者: Travis Walton / Hao Wu / Alan Brown / 要旨: Axonemal dyneins are tethered to doublet microtubules inside cilia to drive ciliary beating, a process critical for cellular motility and extracellular fluid flow. Axonemal dyneins are evolutionarily ...Axonemal dyneins are tethered to doublet microtubules inside cilia to drive ciliary beating, a process critical for cellular motility and extracellular fluid flow. Axonemal dyneins are evolutionarily and biochemically distinct from cytoplasmic dyneins that transport cargo, and the mechanisms regulating their localization and function are poorly understood. Here, we report a single-particle cryo-EM reconstruction of a three-headed axonemal dynein natively bound to doublet microtubules isolated from cilia. The slanted conformation of the axonemal dynein causes interaction of its motor domains with the neighboring dynein complex. Our structure shows how a heterotrimeric docking complex specifically localizes the linear array of axonemal dyneins to the doublet microtubule by directly interacting with the heavy chains. Our structural analysis establishes the arrangement of conserved heavy, intermediate and light chain subunits, and provides a framework to understand the roles of individual subunits and the interactions between dyneins during ciliary waveform generation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kzn.cif.gz | 953.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kzn.ent.gz | 625.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kzn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kzn_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kzn_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kzn_validation.xml.gz | 106.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kzn_validation.cif.gz | 169.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/7kzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/7kzn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 10種, 13分子 ACDEGHKLMNXYZ
#1: タンパク質 | 分子量: 504949.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A0A2K3DV97 | ||||||
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#3: タンパク質 | 分子量: 513491.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q39575 | ||||||
#4: タンパク質 | 分子量: 76628.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q39578 | ||||||
#5: タンパク質 | 分子量: 63594.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P27766 | ||||||
#7: タンパク質 | 分子量: 17807.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q39584 | ||||||
#8: タンパク質 | 分子量: 13876.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q39579 | ||||||
#11: タンパク質 | 分子量: 10336.775 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q39580 #14: タンパク質 | | 分子量: 10315.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) #15: タンパク質 | | 分子量: 14315.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) #16: タンパク質 | | 分子量: 21371.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q7Y0H2 |
-Dynein light chain ... , 4種, 4分子 IJOP
#9: タンパク質 | 分子量: 11946.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q9SWQ6 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 11132.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8IY95 |
#12: タンパク質 | 分子量: 12993.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q2VIY5 |
#13: タンパク質 | 分子量: 12101.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8J5C4 |
-抗体 / Flagellar outer dynein arm ... , 2種, 2分子 BF
#2: 抗体 | 分子量: 520510.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8J1M5 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 15903.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: O04355 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ODA core subcomplex / タイプ: COMPLEX 詳細: IC-LC block with partial N-terminal tails of the heavy chains Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Buffer also contained 1x Protease Arrest (G-Biosciences) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Splayed axonemes isolated from Chlamydomonas reinhardtii flagella. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K 詳細: 2.5 ul of splayed axoneme solution was then dispensed onto glow-discharged C-Flat 1.2/1.3-4Cu grids inside a Vitrobot Mark IV under 100% humidity. After a 10 s delay time, cryo-EM samples ...詳細: 2.5 ul of splayed axoneme solution was then dispensed onto glow-discharged C-Flat 1.2/1.3-4Cu grids inside a Vitrobot Mark IV under 100% humidity. After a 10 s delay time, cryo-EM samples were prepared by first blotting for 10 s with blot force set to 16 and immediately plunged into liquid ethane. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3.7 sec. / 電子線照射量: 61.48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 20524 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 25 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 0 ° / 軸方向距離/サブユニット: 82 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 5584147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 485694 詳細: The composite map was generated from three focused refinements of the full ODA core map. The three focused refinements centered on IC1-LC7a/b (3.6 A resolution), IC2 (3.5 A resolution), and ...詳細: The composite map was generated from three focused refinements of the full ODA core map. The three focused refinements centered on IC1-LC7a/b (3.6 A resolution), IC2 (3.5 A resolution), and the LC8s (4.0 A resolution). 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |