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- PDB-7kxa: Crystal structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kxa
タイトルCrystal structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] (InhA) from Mycobacterium kansasii in complex with NAD
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SSGCID / Mycobacterium kansasii / InhA / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase / NAD / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / リン酸塩 / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium kansasii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] (InhA) from Mycobacterium kansasii in complex with NAD
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7565
ポリマ－29,8961
非ポリマー8604
水4,738263
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,02320
ポリマ－119,5854
非ポリマー3,43816
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/31
Buried area21320 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area34440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.670, 97.670, 141.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-462-

HOH

21A-506-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量: 29896.293 Da / 分子数: 1 / 断片: MykaA.00472.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium kansasii (バクテリア)
遺伝子: inhA, BZL29_3124, BZL30_8369 / プラスミド: MykaA.00472.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1V3XDT0, UniProt: X7XQY2*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)

-
非ポリマー , 5種, 267分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen C9: 25% (V/V) propanediol-1,2, 10% (V/V) glycerol, 100mM potassium phosphate monobasic / sodium phosphate dibasic pH 6.5: MykaA.00472.a.B1.PS38576 at 27.08mg/ml + ...詳細: RigakuReagents JCSG+ screen C9: 25% (V/V) propanediol-1,2, 10% (V/V) glycerol, 100mM potassium phosphate monobasic / sodium phosphate dibasic pH 6.5: MykaA.00472.a.B1.PS38576 at 27.08mg/ml + 4.5mM NAD: tray 318760 c9: cryo: 20% EG: puck nso5-4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月12日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 37516 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.439 % / Biso Wilson estimate: 34.693 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 23.64
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.855.6350.6262.2927160.8660.6999.3
1.85-1.96.8150.5183.1826390.9220.561100
1.9-1.958.640.4014.825880.9630.426100
1.95-2.0110.2820.3196.6224960.980.335100
2.01-2.0811.6130.2439.4424440.9870.25499.9
2.08-2.1511.7940.19511.6223540.9920.204100
2.15-2.2311.7410.14515.5322860.9950.151100
2.23-2.3211.7410.1171922000.9970.122100
2.32-2.4311.730.09922.7821070.9990.104100
2.43-2.5511.7010.08525.4320240.9980.089100
2.55-2.6811.6440.07130.3919330.9990.074100
2.68-2.8511.610.0634.8718350.9980.063100
2.85-3.0411.50.05339.917430.9990.055100
3.04-3.2911.3820.04645.2316240.9990.048100
3.29-3.611.2220.04150.1815020.9990.043100
3.6-4.0311.0730.03753.9513780.9980.03899.9
4.03-4.6510.9850.03355.5212200.9990.035100
4.65-5.6910.9510.03156.41106110.03299.9
5.69-8.0510.590.02754.5484710.028100
8.05-508.9340.02551.655190.9990.02697.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19rc4-4035精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 6udf, apo structure

6udf


解像度: 1.8→33.87 Å / SU ML: 0.168 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.9494
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1696 1962 5.24 %0
Rwork0.1509 35480 --
obs0.1519 37442 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 54 263 2331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9362929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0114399
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7191814
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.27351380.2252474X-RAY DIFFRACTION99.28
1.85-1.890.26181390.19982470X-RAY DIFFRACTION99.92
1.89-1.950.20631260.18182516X-RAY DIFFRACTION99.89
1.95-2.010.22321200.17162494X-RAY DIFFRACTION99.96
2.01-2.090.20831480.16472484X-RAY DIFFRACTION99.92
2.09-2.170.19111570.16242497X-RAY DIFFRACTION99.96
2.17-2.270.19371590.14752464X-RAY DIFFRACTION99.96
2.27-2.390.18491420.15142514X-RAY DIFFRACTION99.96
2.39-2.540.1761410.15272506X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.730.18411360.15492541X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.010.16561200.14982579X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.440.16691300.14772573X-RAY DIFFRACTION100
3.44-4.330.13021570.12712596X-RAY DIFFRACTION99.96
4.34-33.870.15711490.15132772X-RAY DIFFRACTION99.59
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93573756205-0.1509803810340.6552350468462.73223569021-0.4915992857781.68610733026-0.0247564948384-0.121075919116-0.04393261962510.0539864785244-0.10317451246-0.342768572353-0.0827854895910.4263370551450.08920226686020.126698262872-0.00245464720024-0.004754028608460.4114857412790.0722909554760.2462865483558.44176222593-39.986387682-16.5966508402
23.08383605639-0.0450625638296-0.6805860293241.20985706847-0.1050708478432.045125827120.0191666681430.3818936745610.176767428024-0.0905117546859-0.13796976659-0.306124233769-0.1649407937680.4685556250030.1172248010580.225489737264-0.0790154468672-0.02148028099940.4849260508060.06579899334790.2900275769910.1880983832-30.5661694962-25.2477624006
33.56261172645-2.64574279879-0.6131908048773.060578385221.338249666991.51771586614-0.151878897199-0.2536889136920.2463784689010.1137876494120.18181559559-0.260404852344-0.1245199523770.378734814599-0.1063018260010.182792550233-0.0637563227354-0.01781953138290.2301812367170.04497122624810.205075529214-5.49790351928-28.687577584-17.7446014877
41.95055577838-0.609084461223-0.4670227001481.244939306720.2109594830391.409260479940.01361948763470.05776986418790.0793534536749-0.0407938036346-0.0602783437397-0.15808072434-0.08894240947270.1969310305220.05200752969870.17249458235-0.0166429168188-0.03607289134410.255105216580.0376571903690.195425326133-7.33309900959-32.2944720306-23.0999450395
51.10806911557-0.318704416651-0.02451393231571.336377026370.1628076898610.146323218322-0.0234481160208-0.06672197117180.1087325029810.02773189018690.0338196347091-0.0306096568102-0.111222451980.1017863490280.0003682021026690.164820070849-0.00174401495516-0.01350221800350.2480049770820.02821586652270.238957882335-9.07605690006-35.1647962788-19.2255419435
61.025372979-2.22527086352-0.8208036908015.419285570431.667667515690.68553406176-0.210148827071-0.3482673921310.07124306930280.5275357584020.262021839252-0.216846359299-0.00274885404978-0.190166633192-0.06590614015710.2910400849890.0808611153157-0.04809092376940.523138652732-0.04497864307150.292029984302-16.1806174554-38.4706281204-1.72390259726
71.12835413364-0.09639174960980.4054258720091.33449162011-0.3902132864462.57564931154-0.0419614132948-0.122156918334-0.004466287585590.0646269012241-0.0702431238549-0.1057488016210.04716240633740.3249956114930.09534254753040.149580519970.0419201469134-0.004328905170610.2113418896280.02696985441940.213987756437-9.0803784705-48.3301954787-16.8986021847
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 53 )2 - 531 - 52
22chain 'A' and (resid 54 through 82 )54 - 8253 - 81
33chain 'A' and (resid 83 through 112 )83 - 11282 - 111
44chain 'A' and (resid 113 through 158 )113 - 158112 - 157
55chain 'A' and (resid 159 through 208 )159 - 208158 - 207
66chain 'A' and (resid 209 through 225 )209 - 225208 - 224
77chain 'A' and (resid 226 through 269 )226 - 269225 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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