PDB-7kv3: Surface glycan-binding protein A from Bacteroides thetaiotaomicro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kv3

タイトル

Surface glycan-binding protein A from Bacteroides thetaiotaomicron in complex with laminarihexaose

要素

RagB/SusD family nutrient uptake outer membrane protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN /

SusD /

Tetratricopeptide repeat / CBM

機能・相同性

RagB/SusD domain /

SusD family / cell outer membrane / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / beta-cellohexaose / RagB/SusD family nutrient uptake outer membrane protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Tamura, K. / Brumer, H. / Van Petegem, F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Distinct protein architectures mediate species-specific beta-glucan binding and metabolism in the human gut microbiota.
著者: Tamura, K. / Dejean, G. / Van Petegem, F. / Brumer, H.

履歴

登録	2020年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kv3.cif.gz	191.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kv3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/7kv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/7kv3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kv1C 7kv2C 7kv4C 7kv5C 7kv6C 7kv7C 7kwbC 7kwcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2v3n-d 6gcz-d 2bbc-d 4bwc-d 2bb6-3 2bb6-1 3ehn-2 3abg-1 2p6g-5 3snx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: RagB/SusD family nutrient uptake outer membrane protein

ヘテロ分子

60.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.024, 72.937, 101.484
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.644, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-981- HOH

#1: タンパク質

RagB/SusD family nutrient uptake outer membrane protein

分子量: 59352.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: DW011_12550, DW780_14665, DWY18_18425, GAN67_20195, GAN98_19115
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A173VPY3

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 代謝

代謝 / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellohexaose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1_d3-e1_e3-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン /

硫酸塩

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M bis-tris pH 6.5, 0.2 M lithium sulfate, 25 % (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→39.45 Å / Num. obs: 33221 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.05→2.11 Å / Num. unique obs: 1639 / CC_1/2: 0.668

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→39.447 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2041	1639	4.934 %
R_work	0.1569	31582	-
all	0.159	-	-
obs	-	33221	98.778 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.868 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.815 Å²	0 Å²	-0.473 Å²
2-	-	-0.018 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.461 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.447 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3793	0	72	295	4160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	3440
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.516	1.668	5405
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.682	1.598	7989
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.586	5	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.043	23.17	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.593	15	619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.266	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	521
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4410
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	853
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	804
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	3210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.24	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.744	2.119	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.741	2.118	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.609	3.165	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.61	3.166	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.304	2.326	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.302	2.322	2101
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.628	3.404	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.624	3.399	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.617	24.521	4706
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.583	24.348	4661

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.05-2.103	0.248	124	0.232	2319	0.233	2461	0.882	0.877	99.2686	0.228
2.103-2.161	0.277	121	0.21	2250	0.214	2389	0.878	0.895	99.2466	0.201
2.161-2.223	0.247	118	0.201	2206	0.204	2347	0.899	0.906	99.02	0.19
2.223-2.291	0.221	112	0.184	2104	0.186	2267	0.909	0.927	97.7503	0.172
2.291-2.366	0.193	127	0.167	2041	0.169	2204	0.935	0.939	98.3666	0.153
2.366-2.449	0.23	95	0.161	2033	0.164	2139	0.925	0.947	99.4857	0.147
2.449-2.541	0.211	108	0.157	1945	0.16	2065	0.942	0.949	99.4189	0.141
2.541-2.644	0.199	109	0.159	1859	0.161	1980	0.944	0.946	99.3939	0.143
2.644-2.761	0.232	84	0.155	1790	0.158	1901	0.938	0.951	98.5797	0.138
2.761-2.895	0.219	90	0.153	1685	0.156	1818	0.936	0.951	97.6348	0.137
2.895-3.051	0.175	71	0.141	1660	0.142	1740	0.958	0.966	99.4828	0.128
3.051-3.235	0.201	71	0.146	1549	0.149	1631	0.946	0.961	99.3256	0.135
3.235-3.456	0.226	73	0.155	1484	0.158	1568	0.932	0.953	99.2985	0.145
3.456-3.731	0.177	67	0.139	1320	0.141	1427	0.962	0.962	97.1969	0.136
3.731-4.083	0.154	61	0.126	1276	0.127	1344	0.968	0.974	99.4792	0.124
4.083-4.559	0.176	53	0.123	1134	0.125	1205	0.962	0.975	98.5062	0.122
4.559-5.253	0.173	50	0.134	995	0.136	1065	0.962	0.969	98.1221	0.135
5.253-6.405	0.248	36	0.166	855	0.169	907	0.936	0.959	98.2359	0.163
6.405-8.941	0.176	42	0.149	681	0.15	729	0.957	0.968	99.177	0.15
8.941-39.447	0.18	27	0.181	395	0.181	427	0.965	0.966	98.829	0.198

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