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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kv1 | ||||||
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タイトル | Surface glycan-binding protein A from Bacteroides uniformis | ||||||
要素 | SusD family protein | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / SusD / Tetratricopeptide repeat / CBM | ||||||
機能・相同性 | Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / cell outer membrane / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / COBALT HEXAMMINE(III) / SusD family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacteroides uniformis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Tamura, K. / Brumer, H. / Van Petegem, F. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: Distinct protein architectures mediate species-specific beta-glucan binding and metabolism in the human gut microbiota. 著者: Tamura, K. / Dejean, G. / Van Petegem, F. / Brumer, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kv1.cif.gz | 205.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kv1.ent.gz | 161.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kv1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/7kv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/7kv1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60535.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides uniformis (strain ATCC 8492 / DSM 6597 / CIP 103695 / JCM 5828 / NCTC 13054 / VPI 0061) (バクテリア) 株: ATCC 8492 / DSM 6597 / CIP 103695 / JCM 5828 / NCTC 13054 / VPI 0061 遺伝子: BACUNI_01488 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7V1Q0 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BTB / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1 M bis-tris pH 5.3, 0.2 M ammonium acetate, 22 % (w/v) PEG3350, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→41.81 Å / Num. obs: 77609 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.89 Å / Num. unique obs: 3967 / CC1/2: 0.578 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.86→41.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.263 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.57 Å2 / Biso mean: 26.494 Å2 / Biso min: 13.56 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.86→41.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.86→1.903 Å / Rfactor Rfree error: 0
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