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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kqv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of aldehyde dehydrogenase (ChALDH) from Cladosporium herbarum | ||||||
要素 | Aldehyde dehydrogenaseアルデヒドデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Aldehyde dehydrogenase (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / ChALDH / Cladosporium herbarum | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cladosporium herbarum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, S.G. / Jez, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Transgenic Res / 年: 2022 タイトル: Biochemical and clinical studies of putative allergens to assess what distinguishes them from other non-allergenic proteins in the same family. 著者: Glenn, K.C. / Silvanovich, A. / Lee, S.G. / Allen, A. / Park, S. / Dunn, S.E. / Kessenich, C. / Meng, C. / Vicini, J.L. / Jez, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kqv.cif.gz | 413.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kqv.ent.gz | 275.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kqv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/7kqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/7kqv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53612.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cladosporium herbarum (菌類) / 遺伝子: CLAH10, CLAH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P40108, アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 20% PEG 100, 100 mM sodium/potassium phosphate, pH 6.2, 200 mM NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.18→50 Å / Num. obs: 33530 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 79.3 Å2 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.19→3.24 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 1643 / CC1/2: 0.842 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5fhz 解像度: 3.18→49.7 Å / SU ML: 0.3571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.8598 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.18→49.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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