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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7km4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Oxidized Version of Redox-Sensitive Superfolder Green Fluorescent Protein | ||||||
![]() | Green fluorescent protein![]() | ||||||
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機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nguyen, T. / Nicely, N.I. / McCafferty, D.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Oxidized Version of Redox-Sensitive Superfolder Green Fluorescent Protein 著者: Nguyen, T. / Nicely, N.I. / McCafferty, D.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2b3pS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 27845.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: GFP / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.03 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200, Potassium Chloride, 20% PEG-3350 / Temp details: Room Temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 7433 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 56.56 Å2 / Rpim(I) all: 0.031 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 3.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 10.3 % / Num. unique obs: 1426 / Rpim(I) all: 0.249 / Rsym value: 0.808 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2B3P 解像度: 2.65→40.43 Å / SU ML: 0.3792 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.2407 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→40.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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