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- PDB-7kax: Crystal structure of OhyA(E82A) from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kax
タイトルCrystal structure of OhyA(E82A) from Staphylococcus aureus
要素Oleate hydratase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Oleate hydratase / OhyA / SaOhyA
機能・相同性oleate hydratase / oleate hydratase activity / Oleate hydratase / MCRA family / FAD binding / fatty acid metabolic process / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Myosin-cross-reactive antigen
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.514 Å
データ登録者Radka, C.D. / Rock, C.O.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM034496 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA21765 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure and mechanism of Staphylococcus aureus oleate hydratase (OhyA).
著者: Radka, C.D. / Batte, J.L. / Frank, M.W. / Young, B.M. / Rock, C.O.
履歴
登録2020年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oleate hydratase
B: Oleate hydratase
C: Oleate hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,5043
ポリマ－209,5043
非ポリマー00
水1629
1
A: Oleate hydratase

A: Oleate hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,6692
ポリマ－139,6692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area44060 Å2
手法PISA
2
B: Oleate hydratase
C: Oleate hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,6692
ポリマ－139,6692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area44490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.669, 113.876, 119.756
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.230, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Oleate hydratase / / Myosin-cross-reactive antigen


分子量: 69834.688 Da / 分子数: 3 / 変異: E82A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: DD547_00094, DQV53_00770, EP54_06595, EQ90_12415, G0V24_00735, G0X12_00605, G0Z18_00840, G6Y10_10285, GO746_00220, GO803_11440, GO805_08895, GO821_10135, GO894_07145, GO942_14045, ...遺伝子: DD547_00094, DQV53_00770, EP54_06595, EQ90_12415, G0V24_00735, G0X12_00605, G0Z18_00840, G6Y10_10285, GO746_00220, GO803_11440, GO805_08895, GO821_10135, GO894_07145, GO942_14045, HMPREF3211_02399, NCTC10654_00136, RK64_00980
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6GJV1
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystallization: 15% PEG 3000, 200 mM magnesium chloride, and 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5. Cryo: 15% PEG 3000, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 30% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月8日
放射モノクロメーター: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.51→30.122 Å / Num. obs: 50990 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3.51→3.56 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique obs: 2483 / Rpim(I) all: 0.17 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KAV

7kav


解像度: 3.514→30.122 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 3707 7.27 %
Rwork0.1857 47283 -
obs0.1904 50990 91.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.26 Å2 / Biso mean: 49.8328 Å2 / Biso min: 19.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.514→30.122 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13912 0 0 9 13921
Biso mean---31.74 -
残基数----1743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00314264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53319359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.6268509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042484
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.5141-3.56030.2974970.2304127763
3.5603-3.6090.29861210.2294138872
3.609-3.66050.32521110.2185155277
3.6605-3.7150.26461450.2171165285
3.715-3.7730.30381290.2056174488
3.773-3.83470.27021580.1988183091
3.8347-3.90070.25191290.1902183294
3.9007-3.97150.2541620.1879189795
3.9715-4.04770.27671270.196184895
4.0477-4.13010.27551320.1787194396
4.1301-4.21970.23751590.1698190997
4.2197-4.31750.18941520.1742185096
4.3175-4.42520.27141390.18196897
4.4252-4.54440.25551720.1803187796
4.5444-4.67770.29431430.1731191397
4.6777-4.82810.2411560.1685186795
4.8281-4.99990.23491470.1766195997
4.9999-5.19910.2491570.1664189097
5.1991-5.43440.24461430.1805191998
5.4344-5.71910.22651630.1804194498
5.7191-6.07470.23681520.1831190297
6.0747-6.53930.24581370.1966191797
6.5393-7.18930.25431410.1893171387
7.1893-8.21110.2321530.1786192297
8.2111-10.27640.18621390.1651191996
10.2764-30.1220.22641430.1995185194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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