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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k9z | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the Fab fragments of neutralizing antibodies 298 and 52 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Newton, J.C. / Kucharska, I. / Rujas, E. / Cui, H. / Julien, J.P. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Multivalency transforms SARS-CoV-2 antibodies into ultrapotent neutralizers. 著者: Edurne Rujas / Iga Kucharska / Yong Zi Tan / Samir Benlekbir / Hong Cui / Tiantian Zhao / Gregory A Wasney / Patrick Budylowski / Furkan Guvenc / Jocelyn C Newton / Taylor Sicard / Anthony ...著者: Edurne Rujas / Iga Kucharska / Yong Zi Tan / Samir Benlekbir / Hong Cui / Tiantian Zhao / Gregory A Wasney / Patrick Budylowski / Furkan Guvenc / Jocelyn C Newton / Taylor Sicard / Anthony Semesi / Krithika Muthuraman / Amy Nouanesengsy / Clare Burn Aschner / Katherine Prieto / Stephanie A Bueler / Sawsan Youssef / Sindy Liao-Chan / Jacob Glanville / Natasha Christie-Holmes / Samira Mubareka / Scott D Gray-Owen / John L Rubinstein / Bebhinn Treanor / Jean-Philippe Julien / ![]() ![]() ![]() 要旨: SARS-CoV-2, the virus responsible for COVID-19, has caused a global pandemic. Antibodies can be powerful biotherapeutics to fight viral infections. Here, we use the human apoferritin protomer as a ...SARS-CoV-2, the virus responsible for COVID-19, has caused a global pandemic. Antibodies can be powerful biotherapeutics to fight viral infections. Here, we use the human apoferritin protomer as a modular subunit to drive oligomerization of antibody fragments and transform antibodies targeting SARS-CoV-2 into exceptionally potent neutralizers. Using this platform, half-maximal inhibitory concentration (IC) values as low as 9 × 10 M are achieved as a result of up to 10,000-fold potency enhancements compared to corresponding IgGs. Combination of three different antibody specificities and the fragment crystallizable (Fc) domain on a single multivalent molecule conferred the ability to overcome viral sequence variability together with outstanding potency and IgG-like bioavailability. The MULTi-specific, multi-Affinity antiBODY (Multabody or MB) platform thus uniquely leverages binding avidity together with multi-specificity to deliver ultrapotent and broad neutralizers against SARS-CoV-2. The modularity of the platform also makes it relevant for rapid evaluation against other infectious diseases of global health importance. Neutralizing antibodies are a promising therapeutic for SARS-CoV-2. #1: ![]() タイトル: Multivalency transforms SARS-CoV-2 antibodies into broad and ultrapotent neutralizers 著者: Rujas, E. / Kucharska, I. / Tan, Y.Z. / Benlekbir, S. / Cui, H. / Zhao, T. / Wasney, G. / Budylowski, P. / Guvenc, F. / Newton, J.C. / Sicard, T. / Semesi, A. / Muthuraman, K. / Nouanesengsy, ...著者: Rujas, E. / Kucharska, I. / Tan, Y.Z. / Benlekbir, S. / Cui, H. / Zhao, T. / Wasney, G. / Budylowski, P. / Guvenc, F. / Newton, J.C. / Sicard, T. / Semesi, A. / Muthuraman, K. / Nouanesengsy, A. / Prieto, K. / Bueler, S.A. / Youssef, S. / Liao-Chan, S. / Glanville, J. / Christie-Holmes, N. / Mubareka, S. / Gray-Owen, S.D. / Rubinstein, J.L. / Treanor, B. / Julien, J.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 428.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 351.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-抗体 , 4種, 4分子 HLAB
#1: 抗体 | 分子量: 23277.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23227.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 24227.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: 抗体 | 分子量: 23245.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 E![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: タンパク質 | 分子量: 25813.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#6: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% (w/v) 2-propanol, 20% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.95→39.66 Å / Num. obs: 31545 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.7 % / Biso Wilson estimate: 78.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.05 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3060 / CC1/2: 0.863 / Rpim(I) all: 0.201 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4DN3, 5CZX, 6XDG 解像度: 2.95→39.61 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 204.78 Å2 / Biso mean: 103.9794 Å2 / Biso min: 70.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.95→39.61 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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