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Yorodumi- PDB-7k80: KIR3DL1*001 in complex with HLA-A*24:02 presenting the RYPLTFGW p... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k80 | ||||||
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Title | KIR3DL1*001 in complex with HLA-A*24:02 presenting the RYPLTFGW peptide | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / KIR receptor / HLA / peptide presentation | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / Late Phase of HIV Life Cycle / Nef Mediated CD8 Down-regulation / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / suppression by virus of host autophagy / natural killer cell mediated cytotoxicity / Nef Mediated CD4 Down-regulation ...: / Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / Late Phase of HIV Life Cycle / Nef Mediated CD8 Down-regulation / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / suppression by virus of host autophagy / natural killer cell mediated cytotoxicity / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Nef and signal transduction / Uncoating of the HIV Virion / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / virion component / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Assembly Of The HIV Virion / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / Budding and maturation of HIV virion / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / SH3 domain binding / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | MacLachlan, B.J. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P. | ||||||
Citation | Journal: J Immunol. / Year: 2021 Title: The Role of the HLA Class I alpha 2 Helix in Determining Ligand Hierarchy for the Killer Cell Ig-like Receptor 3DL1. Authors: Saunders, P.M. / MacLachlan, B.J. / Widjaja, J. / Wong, S.C. / Oates, C.V.L. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P. / Brooks, A.G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7k80.cif.gz | 563.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7k80.ent.gz | 466.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7k80.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/7k80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/7k80 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7k81C 3vh8S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 6 molecules ADBEGH
#1: Protein | Mass: 31778.117 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-A / Plasmid: pET-30 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: A0A411J078, UniProt: A0A5H2UYS3*PLUS #2: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Plasmid: pET-30 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: P61769 #4: Protein | Mass: 33076.461 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KIR3DL1, CD158E, NKAT3, NKB1 / Cell line (production host): HEK293S / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P43629 |
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-Protein/peptide / Sugars , 2 types, 7 molecules CF
#3: Protein/peptide | Mass: 1040.195 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) / References: UniProt: P04601*PLUS #7: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 3 types, 201 molecules
#5: Chemical | ChemComp-FMT / | ||
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#6: Chemical | ChemComp-ACT / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 14% PEG 3350, 2% tacsimate, pH 5.0, and 0.1 M trisodium citrate, pH 5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.954 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 5, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→43.09 Å / Num. obs: 58740 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Num. unique obs: 3718 / % possible all: 91 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VH8 Resolution: 2.4→40 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 30.84 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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