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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k37 | ||||||
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タイトル | Structure of full-length influenza HA with a head-binding antibody at pH 7.8 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / influenza (インフルエンザ) / virus (ウイルス) / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / antibody (抗体) / low pH | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Gui, M. / Xiang, Y. / Gao, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020 タイトル: Structural intermediates in the low pH-induced transition of influenza hemagglutinin. 著者: Jingjing Gao / Miao Gui / Ye Xiang / 要旨: The hemagglutinin (HA) glycoproteins of influenza viruses play a key role in binding host cell receptors and in mediating virus-host cell membrane fusion during virus infection. Upon virus entry, HA ...The hemagglutinin (HA) glycoproteins of influenza viruses play a key role in binding host cell receptors and in mediating virus-host cell membrane fusion during virus infection. Upon virus entry, HA is triggered by low pH and undergoes large structural rearrangements from a prefusion state to a postfusion state. While structures of prefusion state and postfusion state of HA have been reported, the intermediate structures remain elusive. Here, we report two distinct low pH intermediate conformations of the influenza virus HA using cryo-electron microscopy (cryo-EM). Our results show that a decrease in pH from 7.8 to 5.2 triggers the release of fusion peptides from the binding pockets and then causes a dramatic conformational change in the central helices, in which the membrane-proximal ends of the central helices unwind to an extended form. Accompanying the conformational changes of the central helices, the stem region of the HA undergoes an anticlockwise rotation of 9.5 degrees and a shift of 15 Å. The HA head, after being stabilized by an antibody, remains unchanged compared to the neutral pH state. Thus, the conformational change of the HA stem region observed in our research is likely to be independent of the HA head. These results provide new insights into the structural transition of HA during virus entry. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k37.cif.gz | 473.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k37.ent.gz | 402.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k37.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k37 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 37948.812 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q91MA7 #2: タンパク質 | 分子量: 28947.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C7RWD9, UniProt: Q91MA7*PLUS |
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-抗体 , 2種, 6分子 GIKHJL
#3: 抗体 | 分子量: 23112.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 25278.605 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 4種, 18分子
#5: 多糖 | #6: 多糖 | #7: 多糖 | #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 359922 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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