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- PDB-7jwv: Crystal structure of human ALDH1A1 bound to compound (R)-28 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jwv
タイトルCrystal structure of human ALDH1A1 bound to compound (R)-28
要素Retinal dehydrogenase 1レチナールデヒドロゲナーゼ
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / Rossmann fold (ロスマンフォールド)
機能・相同性
機能・相同性情報


fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / レチナールデヒドロゲナーゼ / アミノブチルアルデヒドデヒドロゲナーゼ / aminobutyraldehyde dehydrogenase activity / Fructose catabolism ...fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / レチナールデヒドロゲナーゼ / アミノブチルアルデヒドデヒドロゲナーゼ / aminobutyraldehyde dehydrogenase activity / Fructose catabolism / Ethanol oxidation / cellular aldehyde metabolic process / RA biosynthesis pathway / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / cellular detoxification of aldehyde / androgen binding / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / negative regulation of cold-induced thermogenesis / retinal dehydrogenase activity / retinol metabolic process / retinoid metabolic process / GTPase activator activity / NAD binding / 神経繊維 / シナプス / extracellular exosome / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VMJ / YTTERBIUM (III) ION / Aldehyde dehydrogenase 1A1 / Aldehyde dehydrogenase 1A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hurley, T.D. / Buchman, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA214567 米国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Development of 2,5-dihydro-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one inhibitors of aldehyde dehydrogenase 1A (ALDH1A) as potential adjuncts to ovarian cancer chemotherapy.
著者: Huddle, B.C. / Grimley, E. / Chtcherbinine, M. / Buchman, C.D. / Takahashi, C. / Debnath, B. / McGonigal, S.C. / Mao, S. / Li, S. / Felton, J. / Pan, S. / Wen, B. / Sun, D. / Neamati, N. / ...著者: Huddle, B.C. / Grimley, E. / Chtcherbinine, M. / Buchman, C.D. / Takahashi, C. / Debnath, B. / McGonigal, S.C. / Mao, S. / Li, S. / Felton, J. / Pan, S. / Wen, B. / Sun, D. / Neamati, N. / Buckanovich, R.J. / Hurley, T.D. / Larsen, S.D.
履歴
登録2020年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4994
ポリマ－54,8981
非ポリマー6013
水4,774265
1
A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,99416
ポリマ－219,5904
非ポリマー2,40412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_585-x,-y+3,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_585x,-y+3,-z1
Buried area21770 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area60110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.194, 109.194, 83.174
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number89
Space group name H-MP422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-913-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Retinal dehydrogenase 1 / レチナールデヒドロゲナーゼ / RalDH1 / ALDH-E1 / ALHDII / Aldehyde dehydrogenase family 1 member A1 / Aldehyde dehydrogenase / cytosolic


分子量: 54897.590 Da / 分子数: 1 / 変異: N121S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A1, ALDC, ALDH1, PUMB1 / プラスミド: pET7b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V9HW83, UniProt: P00352*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION / イッテルビウム


分子量: 173.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#3: 化合物 ChemComp-VMJ / 5-[4-(hydroxymethyl)phenyl]-1-methyl-6-{[(1R)-1-phenylethyl]sulfanyl}-1,5-dihydro-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one


分子量: 392.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N4O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 100 mM sodium BisTris, pH 6.4, 9% PEG3350, 200 mM NaCl, and 5-10 mM YbCl3, 250 uM 5-(4-(hydroxymethyl)phenyl)-1-methyl-6-((1-phenylethyl)thio)-1,5-dihydro-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one, 1% v/v DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 65962 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.6370.62232620.7690.2490.6711.04100
1.63-1.667.80.61633000.7890.2330.661.05199.9
1.66-1.698.10.56532540.8250.2080.6031.10399.8
1.69-1.728.10.51132750.8420.1880.5451.1599.8
1.72-1.768.10.44332990.8730.1630.4721.16699.8
1.76-1.88.10.41132770.8970.1510.4391.17299.8
1.8-1.858.10.36232850.9090.1330.3861.13399.5
1.85-1.98.10.3332850.9220.1210.3521.13899.6
1.9-1.958.20.2932880.9350.1060.3091.11199.6
1.95-2.028.20.26732960.9430.0980.2851.0899.6
2.02-2.098.20.24132710.9510.0880.2571.02199.1
2.09-2.178.20.22432860.960.0820.2380.97999.5
2.17-2.278.20.19733000.9670.0720.210.92798.9
2.27-2.398.20.18232790.9730.0670.1940.91198.9
2.39-2.548.20.16733170.9760.0620.1780.88998.8
2.54-2.748.20.14733020.9780.0540.1570.93798.8
2.74-3.018.20.12432950.9880.0460.1320.92998.1
3.01-3.458.20.09733270.9910.0360.1040.97497.8
3.45-4.348.10.07133320.9960.0260.0760.99897.2
4.34-507.70.05134320.9980.0190.0541.01394.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.17 Å30.28 Å
Translation7.17 Å30.28 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DUM

6dum


解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 6.546 / SU ML: 0.117 / SU R Cruickshank DPI: 0.1149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2708 3384 5.1 %RANDOM
Rwork0.2347 ---
obs0.2365 62578 98.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.66 Å2 / Biso mean: 30.099 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.43 Å2-0 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3814 0 29 265 4108
Biso mean--24.04 25.5 -
残基数----494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193954
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3121.975362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90238738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1515501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.64924.699166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.49615676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7141517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02879
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 269 5 %
Rwork0.359 4563 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7750.02720.24191.9083-0.28220.63470.0301-0.5041-0.12110.4689-0.2346-0.5043-0.02960.08620.20450.1431-0.0892-0.15360.25680.17040.236122.167163.30621.037
22.2284-0.35560.71262.0804-0.32821.16080.0963-0.4166-0.61490.4641-0.2426-0.20210.1071-0.01080.14640.157-0.0827-0.04280.21930.2550.375210.302137.41621.174
31.75430.01850.53741.142-0.03491.12060.0133-0.16050.30950.0498-0.21670.0397-0.0014-0.05050.20340.0089-0.0105-0.01260.0774-0.05030.1165-3.147178.5364.883
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 140
2X-RAY DIFFRACTION1A163 - 269
3X-RAY DIFFRACTION2A270 - 485
4X-RAY DIFFRACTION3A141 - 162
5X-RAY DIFFRACTION3A486 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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