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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jr8
タイトルH-PDGS complexed with a 2-phenylimidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide inhibitors
要素Hematopoietic prostaglandin D synthase
キーワードIsomerase (異性化酵素) / Transferase/Inhibitor / Hematopoietic prostaglandin D2 synthase / inhibitor (酵素阻害剤) / Transferase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


プロスタグランジン-Dシンターゼ / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / 薬物代謝 / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / locomotory behavior ...プロスタグランジン-Dシンターゼ / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / 薬物代謝 / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / locomotory behavior / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / magnesium ion binding / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタチオン / Chem-VH7 / Hematopoietic prostaglandin D synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Nolte, R.T. / Somers, D.O. / Gampe, R.T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: A knowledge-based, structural-aided discovery of a novel class of 2-phenylimidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide H-PGDS inhibitors.
著者: Schulte, C.A. / Deaton, D.N. / Diaz, E. / Do, Y. / Gampe, R.T. / Guss, J.H. / Hancock, A.P. / Hobbs, H. / Hodgson, S.T. / Holt, J. / Jeune, M.R. / Kahler, K.M. / Kramer, H.F. / Le, J. / ...著者: Schulte, C.A. / Deaton, D.N. / Diaz, E. / Do, Y. / Gampe, R.T. / Guss, J.H. / Hancock, A.P. / Hobbs, H. / Hodgson, S.T. / Holt, J. / Jeune, M.R. / Kahler, K.M. / Kramer, H.F. / Le, J. / Mortenson, P.N. / Musetti, C. / Nolte, R.T. / Orband-Miller, L.A. / Peckham, G.E. / Petrov, K.G. / Pietrak, B.L. / Poole, C. / Price, D.J. / Saxty, G. / Shillings, A. / Smalley Jr., T.L. / Somers, D.O. / Stewart, E.L. / Stuart, J.D. / Thomson, S.A.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hematopoietic prostaglandin D synthase
B: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,56515
ポリマ－46,8562
非ポリマー1,70913
水10,719595
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.082, 93.489, 47.913
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.519, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hematopoietic prostaglandin D synthase / H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / ...H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / Glutathione-requiring prostaglandin D synthase / Prostaglandin-H2 D-isomerase


分子量: 23427.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPGDS, GSTS, PGDS, PTGDS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60760, プロスタグランジン-Dシンターゼ, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ

-
非ポリマー , 7種, 608分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#5: 化合物 ChemComp-VH7 / N-[trans-4-(2-hydroxypropan-2-yl)cyclohexyl]-2-phenylimidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide


分子量: 377.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein buffer 50mM TRIS pH 7.5 50mM NaCl ammneded with 15mM GSH, 5mM MgCl2, 5mM DTT, 1mM EDTA Well Buffer 20-32% PEG 6K, 1% 1,4 DIOXANE, 10mM DTT, 5% EG, 50mM TRIS pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→32.55 Å / Num. obs: 129853 / % possible obs: 84.58 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 6.85 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 13.11
反射 シェル解像度: 1.13→1.17 Å / 冗長度: 1.7 % / Num. unique obs: 7258 / CC1/2: 0.84 / CC star: 0.955 / % possible all: 49.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.13→32.55 Å / SU ML: 0.0629 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 12.6764
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1433 1792 1.42 %
Rwork0.1148 124047 -
obs0.1152 125839 84.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 11.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→32.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3295 0 114 595 4004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00933776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13115173
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0835551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0101670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.32531433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.13-1.160.198910.18145101X-RAY DIFFRACTION45.78
1.16-1.190.19531250.15738071X-RAY DIFFRACTION71.47
1.19-1.230.19251290.14219468X-RAY DIFFRACTION84.05
1.23-1.280.15321380.12519691X-RAY DIFFRACTION85.92
1.28-1.330.14241230.11479779X-RAY DIFFRACTION87.07
1.33-1.390.14111530.105910026X-RAY DIFFRACTION89.06
1.39-1.460.14251540.099510159X-RAY DIFFRACTION90.13
1.46-1.550.12291550.092310381X-RAY DIFFRACTION92.1
1.55-1.670.13221640.09210498X-RAY DIFFRACTION93.13
1.67-1.840.12491530.098410643X-RAY DIFFRACTION94.25
1.84-2.110.12811630.101210810X-RAY DIFFRACTION95.81
2.11-2.660.13421030.11088223X-RAY DIFFRACTION72.55
2.66-32.550.14941410.128611197X-RAY DIFFRACTION97.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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