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Yorodumi- PDB-7jma: Crystal structure of the apo form of Nitrogenase iron-molybdenum ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jma | |||||||||
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Title | Crystal structure of the apo form of Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis enzyme NifB from Methanothermobacter thermautotrophicus | |||||||||
Components | Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifB | |||||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / Nitrogenase / Radical SAM enzyme / iron-molybdenum cofactor biosynthesis | |||||||||
Function / homology | Function and homology information nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / catalytic activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Methanothermobacter thermautotrophicus (archaea) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | |||||||||
Authors | Kang, W. / Hu, Y. / Ribbe, M.W. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2021 Title: X-Ray Crystallographic Analysis of NifB with a Full Complement of Clusters: Structural Insights into the Radical SAM-Dependent Carbide Insertion During Nitrogenase Cofactor Assembly. Authors: Kang, W. / Rettberg, L.A. / Stiebritz, M.T. / Jasniewski, A.J. / Tanifuji, K. / Lee, C.C. / Ribbe, M.W. / Hu, Y. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jma.cif.gz | 115.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7jma.ent.gz | 73.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jma.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jma | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7jmbC 6y1xS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.18430/m37jma / Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33577.777 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanothermobacter thermautotrophicus (archaea) Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O27899 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.79 Å3/Da / Density % sol: 31.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 5 / Details: 0.1M MIB (pH5) 25 % w/v PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 6, 2019 |
Radiation | Monochromator: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→53.6 Å / Num. obs: 27742 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 30.41 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 18.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3932 / CC1/2: 0.416 / Rpim(I) all: 1.219 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6Y1X Resolution: 1.7→31.1 Å / SU ML: 0.1925 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.8675 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→31.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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