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万見
- PDB-7jii: HRAS A59E GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jii
タイトルHRAS A59E GDP
要素GTPase HRasHRAS
キーワードONCOPROTEIN (がん遺伝子) / Mutant Cancer GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / negative regulation of GTPase activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / positive regulation of miRNA metabolic process / defense response to protozoan / Signaling by RAS GAP mutants ...GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / negative regulation of GTPase activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / positive regulation of miRNA metabolic process / defense response to protozoan / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / positive regulation of protein targeting to membrane / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / adipose tissue development / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / : / Schwann cell development / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / p38MAPK events / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / EPHB-mediated forward signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / 髄鞘 / Signaling by FGFR1 in disease / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / GRB2 events in ERBB2 signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / animal organ morphogenesis / positive regulation of JNK cascade / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / RAF activation / positive regulation of MAP kinase activity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / cellular response to gamma radiation / positive regulation of GTPase activity / エンドサイトーシス / Regulation of RAS by GAPs / Negative regulation of MAPK pathway / RAS processing / Signaling by RAF1 mutants / GDP binding / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / 走化性 / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / positive regulation of type II interferon production / 細胞老化 / positive regulation of fibroblast proliferation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase HRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.532 Å
データ登録者Johnson, C.W. / Haigis, K.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA230718 米国
American Cancer Society30428-PF-17-066-01-TBG 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2022
タイトル: Regulation of GTPase function by autophosphorylation.
著者: Johnson, C.W. / Seo, H.S. / Terrell, E.M. / Yang, M.H. / KleinJan, F. / Gebregiworgis, T. / Gasmi-Seabrook, G.M.C. / Geffken, E.A. / Lakhani, J. / Song, K. / Bashyal, P. / Popow, O. / Paulo, ...著者: Johnson, C.W. / Seo, H.S. / Terrell, E.M. / Yang, M.H. / KleinJan, F. / Gebregiworgis, T. / Gasmi-Seabrook, G.M.C. / Geffken, E.A. / Lakhani, J. / Song, K. / Bashyal, P. / Popow, O. / Paulo, J.A. / Liu, A. / Mattos, C. / Marshall, C.B. / Ikura, M. / Morrison, D.K. / Dhe-Paganon, S. / Haigis, K.M.
履歴
登録2020年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase HRas
B: GTPase HRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,96210
ポリマ－37,8662
非ポリマー1,0958
水6,053336
1
A: GTPase HRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4815
ポリマ－18,9331
非ポリマー5484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GTPase HRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4815
ポリマ－18,9331
非ポリマー5484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.593, 37.946, 56.254
Angle α, β, γ (deg.)107.360, 107.190, 95.320
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 GTPase HRas / HRAS / H-Ras-1 / Ha-Ras / Transforming protein p21 / c-H-ras / p21ras


分子量: 18933.227 Da / 分子数: 2 / 変異: A59E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.74 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Starting concentration of HRAS A59T GppNHp was 15.2mg/mL in buffer containing 20mM HEPES, 50mM NaCl, 20mM MgCl2 and 1mM DTT at pH 7.5. Used a 24-well plate sealed with Vaseline and total well ...詳細: Starting concentration of HRAS A59T GppNHp was 15.2mg/mL in buffer containing 20mM HEPES, 50mM NaCl, 20mM MgCl2 and 1mM DTT at pH 7.5. Used a 24-well plate sealed with Vaseline and total well volumes of 0.402mL. Hanging drops were 0.001mL mother liquor to 0.001mL protein. Mother liquor contained 2.6mM NaCl, 1mM MgCl2, 15.7mM HEPES (pH7.5), 2.5mM DTT, 43.5mM Ca(OAc)2, and 20.5% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 173.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 28216 / % possible obs: 65.5 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 16.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.028 / Χ2: 1.413 / Net I/σ(I): 38.3 / Num. measured all: 60862
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.53-1.561.50.092500.9520.0870.1271.8442.3
1.56-1.581.90.0951900.9540.0870.1291.8228.9
1.58-1.622.10.0783450.9790.0710.1061.5715.8
1.62-1.652.20.0715020.9830.0640.0961.46123.3
1.65-1.682.20.0647000.9840.0580.0871.56232.7
1.68-1.722.20.069950.9880.0540.0821.66245.5
1.72-1.772.20.05413240.9870.0490.0731.70561.9
1.77-1.812.20.04918830.990.0450.0671.69686.5
1.81-1.872.20.04319320.9930.0390.0591.65991
1.87-1.9320.04214580.9930.0390.0572.22367.2
1.93-22.10.03618580.9940.0330.0491.83185.4
2-2.082.20.03119840.9960.0280.0411.56392.9
2.08-2.172.20.02720090.9970.0240.0361.40493.3
2.17-2.2920.02610620.9970.0240.0361.56949.2
2.29-2.432.20.02120090.9980.0190.0291.08893.6
2.43-2.622.20.01920460.9990.0170.0250.98995.1
2.62-2.882.20.01720660.9990.0160.0240.99695.6
2.88-3.32.20.01720860.9980.0150.0230.9896.7
3.3-4.1520.01715990.9980.0150.0231.06574.1
4.15-502.20.01821180.9980.0170.0241.33798.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX1.11.1_2575位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K8Y

3k8y


解像度: 1.532→36.137 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.1 / 位相誤差: 25.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 2005 7.11 %random selection
Rwork0.1583 26208 --
obs0.1614 28213 65.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 62.42 Å2 / Biso mean: 21.1152 Å2 / Biso min: 10.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.532→36.137 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2607 0 62 336 3005
Biso mean--17.26 26.87 -
残基数----332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062745
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9143736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9472267
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5324-1.57070.3586100.25681345
1.5707-1.61320.3258290.199338914
1.6132-1.66060.2556640.186672326
1.6606-1.71420.2432950.1774111340
1.7142-1.77550.22431410.1889178663
1.7755-1.84660.23391940.1908256590
1.8466-1.93060.21691520.1725202871
1.9306-2.03240.23031800.1719259191
2.0324-2.15970.21352090.1675263993
2.1597-2.32640.19731260.1684174862
2.3264-2.56050.23792050.1697269994
2.5605-2.93090.24072110.1698271296
2.9309-3.6920.1721910.1445253489
3.692-36.1370.15831980.1299254789

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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