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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fic | ||||||
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タイトル | Reversible lysine-targeted probes reveal residence time-based kinase selectivity in vivo | ||||||
要素 | Aurora kinase AオーロラAキナーゼ | ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / Reversible lysine-targeted inhibitors / kinase (キナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / positive regulation of mitotic nuclear division / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / negative regulation of protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / spindle microtubule / regulation of protein stability / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / spindle / 動原体 / 紡錘体 / response to wounding / microtubule cytoskeleton / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / basolateral plasma membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å | ||||||
データ登録者 | Craven, G.B. / Wan, X.B. / Taunton, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Reversible lysine-targeted probes reveal residence time-based kinase selectivity. 著者: Yang, T. / Cuesta, A. / Wan, X. / Craven, G.B. / Hirakawa, B. / Khamphavong, P. / May, J.R. / Kath, J.C. / Lapek Jr., J.D. / Niessen, S. / Burlingame, A.L. / Carelli, J.D. / Taunton, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fic.cif.gz | 80.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fic.ent.gz | 46.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fic.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fic | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4cegS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30718.256 Da / 分子数: 1 / 変異: C290A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-5YZ / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11685 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11685 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→76.21 Å / Num. obs: 15223 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 85.49 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 25.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.403 Å / Rmerge(I) obs: 2.109 / Num. unique obs: 1516 / CC1/2: 0.642 / Rrim(I) all: 2.163 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4CEG 解像度: 2.32→76.17 Å / SU ML: 0.4137 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 43.6528 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 90.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→76.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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