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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fi6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human MICA mutants in complex with natural killer cell receptor NKG2D | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / NKG2D / MICA (雲母) / thermal stability | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immune response to tumor cell / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / gamma-delta T cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation ...immune response to tumor cell / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / gamma-delta T cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / MHC class I protein binding / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / T cell costimulation / nitric oxide biosynthetic process / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / DAP12 interactions / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of type II interferon production / DAP12 signaling / signaling receptor activity / response to heat / carbohydrate binding / defense response to virus / killing of cells of another organism / 獲得免疫系 / cellular response to lipopolysaccharide / 細胞分化 / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 免疫応答 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / DNA damage response / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular space / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Cai, W. / Peng, S. / Xu, T. / Tian, Y. / Li, Y. / Liu, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure of human MICA mutants in complex with natural killer cell receptor NKG2D 著者: Cai, W. / Peng, S. / Xu, T. / Tian, Y. / Li, Y. / Liu, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fi6.cif.gz | 117.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fi6.ent.gz | 90 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fi6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fi6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fi6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 93 - 214 / Label seq-ID: 16 - 137
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16110.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLRK1, D12S2489E, NKG2D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26718 #2: タンパク質 | | 分子量: 31764.508 Da / 分子数: 1 / Mutation: H161R, V177I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICA, PERB11.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q29983 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 % / Mosaicity: 0.54 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 2.7 M Sodium chloride, 0.1 M Tris pH 8.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→90.38 Å / Num. obs: 15918 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.36 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.368 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 382274 / Scaling rejects: 868 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1hyr 解像度: 2.9→62.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 16.784 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 146.79 Å2 / Biso mean: 53.313 Å2 / Biso min: 24.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→62.91 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 3558 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.976 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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