PDB-7fe3: Crystal structure of GH65 alpha-1,2-glucosidase from Flavobacteri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fe3

タイトル

Crystal structure of GH65 alpha-1,2-glucosidase from Flavobacterium johnsoniae

要素

Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / GH65 / (alpha/alpha)6-barrel /

kojibiose (コージビオース) /

dextran (デキストラン)

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process /

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Nakamura, S. / Miyazaki, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure of a bacterial alpha-1,2-glucosidase defines mechanisms of hydrolysis and substrate specificity in GH65 family hydrolases.
著者: Nakamura, S. / Nihira, T. / Kurata, R. / Nakai, H. / Funane, K. / Park, E.Y. / Miyazaki, T.

履歴

登録	2021年7月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fe3.cif.gz	735.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fe3.ent.gz	589.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fe3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/7fe3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/7fe3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fe4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7fe4-1 7jfo-d 7jn4-d 3o65-5 5wsk-2 7jsx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

B: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

C: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

ヘテロ分子

231 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

B: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

C: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

ヘテロ分子

A: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

B: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

C: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
462 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	122.830, 193.970, 111.735
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.601, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-1278- HOH

#1: タンパク質	Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65 / alpha-1 / 2-glucosidase 分子量: 76489.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / JCM 8514 / NBRC 14942 / NCIMB 11054 / UW101) (バクテリア) 株: ATCC 17061 / DSM 2064 / JCM 8514 / NBRC 14942 / NCIMB 11054 / UW101 遺伝子: Fjoh_4428 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5FBJ5
#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 300 mM ammonium citrate, pH 7.0-8.0, 10 mM TCEP, 12% PEG 3350 PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 342453 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.54→1.62 Å / R_merge(I) obs: 0.916 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 49838 / CC_1/2: 0.846 / R_pim(I) all: 0.379 / R_rim(I) all: 0.992

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.54→48.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 3.317 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1918	16770	4.919 %
R_work	0.1709	324171	-
all	0.172	-	-
obs	-	340941	99.292 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.102 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.698 Å²	0 Å²	0.791 Å²
2-	-	-1.879 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.188 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→48.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15741	0	104	1452	17297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	16452
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	15341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	1.643	22319
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.416	1.579	35400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.849	5	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.817	23.819	830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.173	15	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.15	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	18853
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3797
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	14326
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	7846
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	7497
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.247	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.983	2.109	8044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.983	2.109	8043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.477	3.16	10098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.477	3.161	10099
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.54	2.301	8408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.54	2.301	8409
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.398	3.368	12219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.398	3.368	12220
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.164	25.434	18962
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.073	24.886	18618

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.58	0.274	1236	0.272	23944	X-RAY DIFFRACTION	99.2511
1.58-1.623	0.262	1171	0.252	23446	X-RAY DIFFRACTION	99.3663
1.623-1.67	0.268	1148	0.239	22758	X-RAY DIFFRACTION	99.4219
1.67-1.722	0.227	1175	0.217	22064	X-RAY DIFFRACTION	99.5118
1.722-1.778	0.223	1073	0.203	21393	X-RAY DIFFRACTION	99.4511
1.778-1.841	0.22	1103	0.198	20675	X-RAY DIFFRACTION	99.3839
1.841-1.91	0.227	995	0.189	19958	X-RAY DIFFRACTION	99.2657
1.91-1.988	0.215	986	0.182	19169	X-RAY DIFFRACTION	99.2271
1.988-2.076	0.205	930	0.179	18447	X-RAY DIFFRACTION	99.2878
2.076-2.178	0.211	908	0.179	17610	X-RAY DIFFRACTION	99.255
2.178-2.295	0.206	876	0.171	16711	X-RAY DIFFRACTION	99.1431
2.295-2.435	0.192	860	0.166	15780	X-RAY DIFFRACTION	99.1657
2.435-2.603	0.206	797	0.163	14800	X-RAY DIFFRACTION	98.8528
2.603-2.811	0.18	701	0.158	13854	X-RAY DIFFRACTION	98.9665
2.811-3.079	0.189	616	0.158	12806	X-RAY DIFFRACTION	99.2825
3.079-3.442	0.175	588	0.164	11560	X-RAY DIFFRACTION	99.4027
3.442-3.974	0.169	560	0.154	10182	X-RAY DIFFRACTION	99.3985
3.974-4.865	0.154	463	0.141	8582	X-RAY DIFFRACTION	98.9498
4.865-6.872	0.165	359	0.153	6729	X-RAY DIFFRACTION	99.9295
6.872-48.54	0.16	225	0.154	3703	X-RAY DIFFRACTION	99.4934

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1268	-0.0275	-0.0626	0.4401	0.2626	0.1953	-0.0079	0.0186	-0.032	-0.0206	-0.0325	0.1181	-0.0241	-0.0396	0.0404	0.0395	-0.006	0.026	0.0458	-0.0041	0.1196	-35.11	-11.858	0.71
2	0.3501	0.1363	0.061	0.3966	0.1287	0.1058	0.0175	-0.071	0.0735	0.0779	-0.0578	0.1277	-0.0039	-0.0036	0.0403	0.0919	0.0174	0.0735	0.0523	-0.0066	0.088	-30.553	12.264	24.898
3	0.0852	0.0166	0.0092	0.4094	-0.159	0.2282	0.0197	-0.0269	0.0165	0.0166	-0.0501	-0.0566	-0.0288	0.0331	0.0304	0.0716	-0.0132	0.0328	0.045	0.0012	0.0755	9.37	14.572	16.172
4	0.2353	0.5629	-0.2417	1.8547	-0.7931	0.4506	0.1196	-0.1331	-0.0952	0.312	-0.3131	-0.2345	-0.0883	0.1524	0.1936	0.1353	-0.0481	-0.0112	0.1022	0.0714	0.1109	12.915	-8.776	44.007
5	0.3996	0.0539	-0.0233	0.1349	-0.0402	0.0398	0.0184	-0.0042	-0.0609	0.0471	-0.0151	-0.0302	0.014	-0.0013	-0.0033	0.0933	0.011	0.0257	0.0171	0.0185	0.0908	6.523	-42.586	19.21
6	0.5628	-0.0641	0.1772	0.2128	-0.0773	0.1623	-0.0029	-0.1242	-0.0841	0.0432	0.0217	0.052	-0.0001	-0.0809	-0.0187	0.0936	-0.0212	0.0695	0.06	0.0124	0.0807	-27.291	-42.291	26.519

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	23 - 360
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	361 - 681
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	23 - 284
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	285 - 681
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	C	23 - 353
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	C	354 - 681

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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