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- PDB-7fco: ChlB4 Halogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fco
タイトルChlB4 Halogenase
要素ChlB4
キーワードFLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / Halogenase / Flavin reduction
機能・相同性FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / フラビンアデニンジヌクレオチド / ChlB4
機能・相同性情報
生物種Streptomyces antibioticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Saeed, A.U. / Zheng, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070040 中国
Other government2020YFA0907900 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal insight of FAD-dependent bifunctional halogenase ChlB4 in the biosynthesis of Chlorothricin
著者: Saeed, A.U. / Zheng, J.
履歴
登録2021年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ChlB4
B: ChlB4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2556
ポリマ－101,6132
非ポリマー1,6424
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area32150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.651, 53.076, 83.821
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ChlB4


分子量: 50806.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces antibioticus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q0R4P7
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.12 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 26 % PEG mono-ethyl ether 2000, 0.1M bis Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月12日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→50 Å / Num. obs: 28085 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.166 / Χ2: 0.878 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.55-2.593.80.78613040.6520.450.910.85294.9
2.59-2.643.90.80413420.5770.4520.9260.86393.3
2.64-2.6940.83113430.680.4630.9550.85994.7
2.69-2.754.10.76213120.6210.4240.8760.89294.3
2.75-2.813.90.69914000.630.3940.8060.85595.7
2.81-2.874.30.66813620.7270.3620.7630.85897.2
2.87-2.944.50.66613810.7540.350.7560.86996.3
2.94-3.024.70.53413990.840.2740.6030.88298
3.02-3.114.80.46313870.8420.2350.5210.89796.3
3.11-3.214.70.3814060.8910.1940.4280.84498.2
3.21-3.334.60.29613940.9120.1530.3340.87296.6
3.33-3.464.60.2213770.9480.1140.2490.84898.1
3.46-3.624.30.1814170.9630.0970.2050.90897.9
3.62-3.814.30.13914230.970.0740.1580.90197.2
3.81-4.054.70.10414170.9840.0520.1170.87998.3
4.05-4.364.70.08214290.9870.040.0910.97798.8
4.36-4.84.60.06314540.9890.0320.0710.95698.9
4.8-5.494.30.05614660.9910.030.0640.8699.3
5.49-6.924.60.05614940.9910.0280.0620.77599.3
6.92-504.20.03915780.9950.0210.0440.88997.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5buk

5buk


解像度: 2.51→46.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 13.34 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2846 1338 5.1 %RANDOM
Rwork0.2306 ---
obs0.2333 24836 88.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.88 Å2 / Biso mean: 33.39 Å2 / Biso min: 17.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→46.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6580 0 108 0 6688
Biso mean--25.28 --
残基数----862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.026156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9579397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.057314039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6175854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.86123310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.19815943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0881546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021671
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.571 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 48 -
Rwork0.283 901 -
obs--44.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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