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Yorodumi- PDB-7f51: Crystal structure of Hst2 in complex with 2'-O-Benzoyl ADP Ribose -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7f51 | |||||||||
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Title | Crystal structure of Hst2 in complex with 2'-O-Benzoyl ADP Ribose | |||||||||
Components | NAD-dependent protein deacetylase HST2 | |||||||||
Keywords | NUCLEAR PROTEIN / histone modification / histone benzoylation / protein-protein interaction / NAD-dependent histone deacetylase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of mitotic recombination / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / rDNA heterochromatin formation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / NAD-dependent histone deacetylase activity / NAD+ binding / transferase activity / metal ion binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.98 Å | |||||||||
Authors | Wang, D. / Yan, F. / Chen, Y. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Global profiling of regulatory elements in the histone benzoylation pathway. Authors: Wang, D. / Yan, F. / Wu, P. / Ge, K. / Li, M. / Li, T. / Gao, Y. / Peng, C. / Chen, Y. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7f51.cif.gz | 137.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7f51.ent.gz | 103.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7f51.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f51 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7f3sC 7f4aC 7f4eC 7f5mC 1q1aS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32523.293 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: HST2, YPL015C, LPA2C / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P53686, protein acetyllysine N-acetyltransferase |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Chemical | ChemComp-BA7 / [( |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Ammonium fluoride, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97855 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97855 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.98→50 Å / Num. obs: 19067 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.865 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 121484 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1Q1A Resolution: 1.98→28.04 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 23.83 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 84.85 Å2 / Biso mean: 36.9196 Å2 / Biso min: 16.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.98→28.04 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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