PDB-7ewm: Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ewm

タイトル

Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1

要素

26S proteasome complex subunit SEM1プロテアソーム
Cop9 signalosome complex subunit 12
Protein THP3

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

Complex /

Nucleic acid binding (核酸) /

mRNA splicing

機能・相同性

機能・相同性情報

adaptation of signaling pathway by response to pheromone involved in conjugation with cellular fusion / SAGA complex localization to transcription regulatory region / transcription export complex 2 / protein deneddylation / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth /

COP9 signalosome / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / poly(A)+ mRNA export from nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Kuang, Z. / Niu, L.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural assembly of the nucleic-acid-binding Thp3-Csn12-Sem1 complex functioning in mRNA splicing.
著者: Kuang, Z. / Ke, J. / Hong, J. / Zhu, Z. / Niu, L.

履歴

登録	2021年5月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ewm.cif.gz	375.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ewm.ent.gz	256 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ewm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/7ewm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/7ewm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ewfSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (7) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein THP3

B: Cop9 signalosome complex subunit 12

C: 26S proteasome complex subunit SEM1

93.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.575, 115.575, 126.825
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"

#1: タンパク質	Protein THP3 / THO-related protein 3 分子量: 33959.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: THP3, YPR045C, YP9499.03c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12049
#2: タンパク質	Cop9 signalosome complex subunit 12 / 分子量: 49558.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: CSN12, YJR084W, J1860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47130
#3: タンパク質	26S proteasome complex subunit SEM1 / プロテアソーム分子量: 10397.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: SEM1, DSH1, YDR363W-A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O94742
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 22217 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.3 % / B_iso Wilson estimate: 74.1 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 29.77
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / R_merge(I) obs: 0.106 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique obs: 1089 / CC_1/2: 0.888

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EWF

7ewf

解像度: 2.9→32.29 Å / SU ML: 0.3981 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.23
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	1155	5.22 %	RANDOM
R_work	0.222	20991	-	-
obs	0.2236	22146	99.85 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→32.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6106	0	0	4	6110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	6225
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8776	8395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	931
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1069
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.8296	3810

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-3.03	0.3785	123	0.3062	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.03-3.19	0.3421	164	0.2803	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.39	0.2878	151	0.2608	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.39-3.65	0.2918	128	0.2412	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.65-4.02	0.2636	146	0.2267	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.02-4.6	0.2251	160	0.1902	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6-5.79	0.2274	120	0.2193	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
5.79-32.29	0.2205	163	0.2008	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.04

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0152708699672	-0.0144117909124	0.00016535949692	0.00581718157698	0.00153966614074	0.0093425589817	-0.123414402356	0.0553621149369	0.0248585758692	0.00753989304843	-0.144410657249	0.07047130943	-0.0172843175116	-0.0409779495784	-3.93772802438E-8	0.345993258228	0.0129697995522	0.00819177704197	0.581058821328	-0.0471133316043	0.536495118881	3.60486618508	34.3595841128	-12.3419763875
2	0.0112836605087	-0.00943018515853	0.00430628856236	0.00603111257337	-0.0013746894166	0.00999820807693	-0.0852293373696	-0.00506570949741	-0.0756584819069	0.040028819185	-0.0800165053145	0.10435476999	0.00399083877848	0.00588295175262	1.98445633423E-8	0.350025863451	-0.0409130188471	0.0127795852386	0.380805470964	0.0138171733721	0.333077600715	15.6028326024	34.0289347921	-11.7312876398
3	0.0194630399253	-0.0198335230484	-0.0147337274503	0.00530449756621	-0.00430269663634	0.0122300189645	0.0278775341869	0.0710551002965	0.00380726540396	0.00343165319709	-0.0809994541152	-0.137372728218	0.046649072755	0.0152702124508	-6.19844803659E-9	0.390745880822	-0.00524050026049	0.0379466103428	0.434774139571	-0.0332853297542	0.337863057545	35.9905802674	31.5866719372	-16.7855596562
4	0.00107859751584	-0.00115385744709	-0.0026957408692	0.00307126999022	0.00596116414447	0.00339313563795	0.027548738585	-0.0229280071316	0.0542924653384	-0.00980225475699	0.0744896977599	0.0970408487331	0.00441710774981	0.00838436655065	1.31244595416E-7	0.360075090693	-0.0189305783907	-0.00617490063942	0.448024277011	0.0168019546839	0.352385340441	39.3783942167	40.4172729063	-3.71266948455
5	0.00371360306542	-0.00636522820364	0.00030326958348	0.0122858102024	-0.00221375488097	0.00460228460385	-0.0410531782973	-0.0950744492824	0.093800866361	0.00410852945456	0.0447071694833	0.0122485243354	-0.130933850266	0.00402779085496	2.74825431791E-7	0.262886045484	-0.157009335377	-0.0594601240163	0.263251948919	-0.0928893779255	0.228898401925	50.1470857587	50.8104737528	2.71179449375
6	0.00314049784109	0.0011991332373	0.00129895189119	-5.44456082437E-7	-0.00240890981078	-0.00132648445385	0.0823438006882	-0.00383320012572	0.0228654225248	-0.00643104301255	0.0608797007258	-0.0121109460124	-0.00517205659354	0.0263100644515	-5.53183158858E-9	0.467234926812	0.0233063956538	0.0528048846552	0.566945392888	-0.0351241463933	0.659847098586	56.7493215795	50.0634494099	5.27705221789
7	0.000822132280408	0.0132799595745	-0.000517251485192	0.00819448124212	0.00555289659937	-0.0053054745382	-0.114947187411	-0.046432114242	-0.0966510050517	0.00746507707138	-0.0647584302912	0.0581828376156	0.0241285441103	-0.0546861487788	6.29862029065E-9	1.36178842508	-0.0243431156028	0.0587965172904	1.08090265822	0.262930974884	1.14651790492	23.675239376	-15.3790085993	-4.69891729454
8	-0.0290149293184	0.0131134674972	-0.093923959652	-0.0308579533285	0.0134301145655	-0.0515996928377	0.0609574780067	-0.196549519704	-0.473812326263	0.184147491255	0.182235132082	0.364679162022	0.346803776762	-0.109526407658	1.36778044396E-9	-0.935572577727	1.62767549729	1.592984844	-0.850390875642	-1.18420347742	-0.966896831358	43.6557561853	4.13204330191	-4.19714592158
9	0.0122781429963	0.000402047974098	-0.00400136164652	0.0401278264995	-0.00130360126999	0.0160385014669	0.0172073640605	-0.123807247613	0.130040475059	-0.0821848555436	0.177084183413	-0.107278790717	0.095884965907	0.195897347739	-1.76619910804E-8	0.239615707218	-0.0300171591091	-0.0538288251329	0.690882598364	-0.0235201053704	0.478880146046	60.9064106717	31.4271415626	-10.0452997913
10	0.00161532574308	0.00137335604798	-0.00118609998341	0.00231055335159	-0.00233261967094	-0.00198071658009	-0.032770793471	-0.0133505224064	-0.0211841147858	0.00437523268022	-0.0215463444479	0.0276185980626	0.0423661027269	0.0158634576589	-1.28433305297E-6	0.786679199971	0.193097594608	0.0582904739262	0.728523088114	0.180967397924	0.891254148853	47.5595802869	-5.39029872646	-8.05266758259
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12	0.00211822537535	-0.00409136443984	0.000673463907514	0.000407092564522	-0.000625630464705	-0.000561282872803	0.0184797420126	-0.0103722556713	-0.0286438239433	0.00326866908078	0.0099627917095	-0.00162660998865	0.0118799005754	-0.000862194964815	1.08697910749E-6	0.625609007046	0.249980020183	-0.115536027661	0.735102340665	-0.023606827897	0.889285778628	68.1246255253	15.0952271354	-9.87369380592
13	0.00351385560618	-0.001982895996	-0.00282460211569	0.00198654099353	0.00015409402828	0.000419104267012	-0.0232193157168	0.0259254142841	-0.0200383039968	-0.0148457732934	-0.0188889632128	-0.00656219781194	0.00532243062956	-0.0180963404895	-5.81197737746E-7	0.6641745172	-0.0637810678708	0.160519838845	0.850646708686	-0.208289964424	0.838645351985	74.647716059	34.3804845788	-20.1071207344

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 187 through 231 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 232 through 291 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 292 through 368 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 369 through 391 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 392 through 432 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 433 through 458 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 6 through 120 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 121 through 309 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 310 through 423 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 32 through 52 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 53 through 57 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 58 through 71 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 72 through 89 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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