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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7evo | ||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of the human 17S U2 snRNP | ||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / U2 snRNP / PRP5 / SF3B1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 U11/U12 snRNP / chromatin-protein adaptor activity / snRNP binding / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / B-WICH complex / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs ...U11/U12 snRNP / chromatin-protein adaptor activity / snRNP binding / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / B-WICH complex / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein localization to site of double-strand break / splicing factor binding / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / pICln-Sm protein complex / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / RNA splicing, via transesterification reactions / small nuclear ribonucleoprotein complex / P granule / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / : / telomerase RNA binding / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / telomerase holoenzyme complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / SAGA complex / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / mRNA 3'-splice site recognition / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / regulation of DNA repair / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / 細胞分化 / double-strand break repair via homologous recombination / spliceosomal complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of protein catabolic process / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / 核小体 / 転写後修飾 / mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of neuron projection development / nuclear matrix / site of double-strand break / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / 精子形成 / nucleic acid binding / RNA helicase activity / nuclear body / ヘリカーゼ / nuclear speck / クロマチンリモデリング / mRNA binding / protein-containing complex binding / 核小体 / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, X. / Zhan, X. / Shi, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural insights into branch site proofreading by human spliceosome. 著者: Xiaofeng Zhang / Xiechao Zhan / Tong Bian / Fenghua Yang / Pan Li / Yichen Lu / Zhihan Xing / Rongyan Fan / Qiangfeng Cliff Zhang / Yigong Shi / 要旨: Selection of the pre-mRNA branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is crucial to prespliceosome (A complex) assembly. The RNA helicase PRP5 proofreads BS selection but the ...Selection of the pre-mRNA branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is crucial to prespliceosome (A complex) assembly. The RNA helicase PRP5 proofreads BS selection but the underlying mechanism remains unclear. Here we report the atomic structures of two sequential complexes leading to prespliceosome assembly: human 17S U2 snRNP and a cross-exon pre-A complex. PRP5 is anchored on 17S U2 snRNP mainly through occupation of the RNA path of SF3B1 by an acidic loop of PRP5; the helicase domain of PRP5 associates with U2 snRNA; the BS-interacting stem-loop (BSL) of U2 snRNA is shielded by TAT-SF1, unable to engage the BS. In the pre-A complex, an initial U2-BS duplex is formed; the translocated helicase domain of PRP5 stays with U2 snRNA and the acidic loop still occupies the RNA path. The pre-A conformation is specifically stabilized by the splicing factors SF1, DNAJC8 and SF3A2. Cancer-derived mutations in SF3B1 damage its association with PRP5, compromising BS proofreading. Together, these findings reveal key insights into prespliceosome assembly and BS selection or proofreading by PRP5. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7evo.cif.gz | 911 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7evo.ent.gz | 626.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7evo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/7evo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/7evo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 31334MC 7vpxC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 H
#1: RNA鎖 | 分子量: 60186.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 340097 |
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-Splicing factor 3B subunit ... , 5種, 5分子 12345
#2: タンパク質 | 分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13435 |
#4: タンパク質 | 分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15393 |
#5: タンパク質 | 分子量: 44436.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15427 |
#6: タンパク質 | 分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BWJ5 |
-タンパク質 , 4種, 4分子 6DEf
#7: タンパク質 | 分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7RTV0 |
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#11: タンパク質 | 分子量: 85965.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43719 |
#12: タンパク質 | 分子量: 119807.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX46 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0C4DG89, ヘリカーゼ |
#20: タンパク質 | 分子量: 24642.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678 |
-Splicing factor 3A subunit ... , 3種, 3分子 ABC
#8: タンパク質 | 分子量: 88991.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15459 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 49327.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15428 |
#10: タンパク質 | 分子量: 58934.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12874 |
-U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 FG
#13: タンパク質 | 分子量: 28456.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09661 |
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#14: タンパク質 | 分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08579 |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 abcdeg
#15: タンパク質 | 分子量: 13551.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316 |
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#16: タンパク質 | 分子量: 9734.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306 |
#17: タンパク質 | 分子量: 10817.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304 |
#18: タンパク質 | 分子量: 8508.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308 |
#19: タンパク質 | 分子量: 13940.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318 |
#21: タンパク質 | 分子量: 13310.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314 |
-非ポリマー , 2種, 5分子
#22: 化合物 | ChemComp-9B0 / [( |
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#23: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The human U2 snRNP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 485418 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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