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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7epw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of monooxygenase Tet(X4) with tigecycline | ||||||
要素 | Flavin-dependent monooxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / monooxygenase / Tet(X4) / tigecycline resistance | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / FAD binding / monooxygenase activity / response to antibiotic / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å | ||||||
データ登録者 | Cheng, Q. / Chen, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2021 タイトル: Structural and mechanistic basis of the high catalytic activity of monooxygenase Tet(X4) on tigecycline. 著者: Cheng, Q. / Cheung, Y. / Liu, C. / Xiao, Q. / Sun, B. / Zhou, J. / Chan, E.W.C. / Zhang, R. / Chen, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7epw.cif.gz | 95.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7epw.ent.gz | 68.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7epw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43343.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tet(X) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A3T0V9Y5, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: A0A3T0V9Y5, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む |
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#2: 化合物 | ChemComp-FDA / |
#3: 化合物 | ChemComp-T1C / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG4000, 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 PH範囲: 5.4-5.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979183 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979183 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.23→84.35 Å / Num. obs: 23785 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 36.5 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 22.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 1.917 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1715 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7EPV 解像度: 2.23→48.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.131 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 138.17 Å2 / Biso mean: 47.528 Å2 / Biso min: 25.84 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.23→48.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.23→2.288 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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