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- PDB-7eo0: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99-BOUND THE SINGLE CHAIN FR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eo0
タイトルFOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99-BOUND THE SINGLE CHAIN FRAGMEN ANTIBODY C4
要素
  • Ig heavy chain variable region
  • Ig lamda chain variable region
  • O/TIBET/99 VP1
  • O/TIBET/99 VP2
  • O/TIBET/99 VP3
  • O/TIBET/99 VP4
キーワードVIRUS (ウイルス) / FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (口蹄疫ウイルス) / FMDV (口蹄疫ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig lamda chain variable region / Ig heavy chain variable region
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者He, Y. / Li, K.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: Two Cross-Protective Antigen Sites on Foot-and-Mouth Disease Virus Serotype O Structurally Revealed by Broadly Neutralizing Antibodies from Cattle.
著者: Kun Li / Yong He / Li Wang / Pinghua Li / Sheng Wang / Pu Sun / Huifang Bao / Yimei Cao / Xuerong Liu / Guoqiang Zhu / Yali Song / Xingwen Bai / Xueqing Ma / Yuanfang Fu / Hong Yuan / Jing ...著者: Kun Li / Yong He / Li Wang / Pinghua Li / Sheng Wang / Pu Sun / Huifang Bao / Yimei Cao / Xuerong Liu / Guoqiang Zhu / Yali Song / Xingwen Bai / Xueqing Ma / Yuanfang Fu / Hong Yuan / Jing Zhang / Jian Wang / Yingli Chen / Dong Li / Zhiyong Lou / Zaixin Liu / Zengjun Lu /
要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) is a highly contagious virus that infects cloven-hoofed animals. Neutralizing antibodies play critical roles in antiviral infection. Although five known antigen ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) is a highly contagious virus that infects cloven-hoofed animals. Neutralizing antibodies play critical roles in antiviral infection. Although five known antigen sites that induce neutralizing antibodies have been defined, studies on cross-protective antigen sites are still scarce. We mapped two cross-protective antigen sites using 13 bovine-derived broadly neutralizing monoclonal antibodies (bnAbs) capable of neutralizing 4 lineages within 3 topotypes of FMDV serotype O. One antigen site was formed by a novel cluster of VP3-focused epitopes recognized by bnAb C4 and C4-like antibodies. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the FMDV-OTi (O/Tibet/99)-C4 complex showed close contact with VP3 and a novel interprotomer antigen epitope around the icosahedral 3-fold axis of the FMDV particle, which is far beyond the known antigen site 4. The key determinants of the neutralizing function of C4 and C4-like antibodies on the capsid were βB (T65), the B-C loop (T68), the E-F loop (E131 and K134), and the H-I loop (G196), revealing a novel antigen site on VP3. The other antigen site comprised two group epitopes on VP2 recognized by 9 bnAbs (B57, B73, B77, B82, F28, F145, F150, E46, and E54), which belong to the known antigen site 2 of FMDV serotype O. Notably, bnAb C4 potently promoted FMDV RNA release in response to damage to viral particles, suggesting that the targeted epitope contains a trigger mechanism for particle disassembly. This study revealed two cross-protective antigen sites that can elicit cross-reactive neutralizing antibodies in cattle and provided new structural information for the design of a broad-spectrum molecular vaccine against FMDV serotype O. FMDV is the causative agent of foot-and-mouth disease (FMD), which is one of the most contagious and economically devastating diseases of domestic animals. The antigenic structure of FMDV serotype O is rather complicated, especially for those sites that can elicit a cross-protective neutralizing antibody response. Monoclonal neutralization antibodies provide both crucial defense components against FMDV infection and valuable tools for fine analysis of the antigenic structure. In this study, we found a cluster of novel VP3-focused epitopes using 13 bnAbs against FMDV serotype O from natural host cattle, which revealed two cross-protective antigen sites on VP2 and VP3. Antibody C4 targeting this novel epitope potently promoted viral particle disassembly and RNA release before infection, which may indicate a vulnerable region of FMDV. This study reveals new structural information about cross-protective antigen sites of FMDV serotype O, providing valuable and strong support for future research on broad-spectrum vaccines against FMD.
履歴
登録2021年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-31223
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31223
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: O/TIBET/99 VP1
2: O/TIBET/99 VP2
3: O/TIBET/99 VP3
4: O/TIBET/99 VP4
H: Ig heavy chain variable region
L: Ig lamda chain variable region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,2276
ポリマ－107,2276
非ポリマー00
水0
1
1: O/TIBET/99 VP1
2: O/TIBET/99 VP2
3: O/TIBET/99 VP3
4: O/TIBET/99 VP4
H: Ig heavy chain variable region
L: Ig lamda chain variable region
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,433,591360
ポリマ－6,433,591360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: O/TIBET/99 VP1
2: O/TIBET/99 VP2
3: O/TIBET/99 VP3
4: O/TIBET/99 VP4
H: Ig heavy chain variable region
L: Ig lamda chain variable region
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 536 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)536,13330
ポリマ－536,13330
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: O/TIBET/99 VP1
2: O/TIBET/99 VP2
3: O/TIBET/99 VP3
4: O/TIBET/99 VP4
H: Ig heavy chain variable region
L: Ig lamda chain variable region
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 643 kDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)643,35936
ポリマ－643,35936
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

-
タンパク質 , 5種, 5分子 1234H

#1: タンパク質 O/TIBET/99 VP1


分子量: 23524.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
#2: タンパク質 O/TIBET/99 VP2


分子量: 24338.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
#3: タンパク質 O/TIBET/99 VP3


分子量: 23875.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
#4: タンパク質 O/TIBET/99 VP4


分子量: 8778.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
#5: タンパク質 Ig heavy chain variable region


分子量: 13914.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A6B9SE04

-
抗体 , 1種, 1分子 L

#6: 抗体 Ig lamda chain variable region


分子量: 12794.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A6B9SCH7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1FMDV-OTi-C4COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99COMPLEX#1-#41NATURAL
3C4 scFvCOMPLEX#5-#61RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)12110
23Bos taurus (ウシ)9913
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株: BL21
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14458 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.75 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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