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Yorodumi- PDB-7ef2: Crystal structure of maize SHH2 SAWADEE domain in complex with an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ef2 | ||||||
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Title | Crystal structure of maize SHH2 SAWADEE domain in complex with an H3K9me3 peptide | ||||||
Components |
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Keywords | GENE REGULATION / SAWADEE domain / Maize / SHH2 | ||||||
Function / homology | Function and homology information chromocenter / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / metal ion binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Zea mays (maize) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Wang, Y. / Du, J. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J Integr Plant Biol / Year: 2021 Title: Recognition of H3K9me1 by maize RNA-directed DNA methylation factor SHH2. Authors: Wang, Y. / Zhou, X. / Luo, J. / Lv, S. / Liu, R. / Du, X. / Jia, B. / Yuan, F. / Zhang, H. / Du, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ef2.cif.gz | 146.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ef2.ent.gz | 113.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ef2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/7ef2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/7ef2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7eezSC 7ef0C 7ef1C 7ef3C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18001.229 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: R235G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zea mays (maize) / Gene: 100279552, HB131, ZEAMMB73_Zm00001d005584 / Plasmid: pET-Sumo / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B7ZYP9 #2: Protein/peptide | Mass: 1192.412 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Zea mays (maize) / References: UniProt: P69246 #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M HEPES, pH7.5, 70% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 7, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: silicon crystal (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 25032 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 2.029 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 175521 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7EEZ Resolution: 2→30.669 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 106.21 Å2 / Biso mean: 38.7053 Å2 / Biso min: 15.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→30.669 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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