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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ecr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Aspergillus terreus Glutamate Dehydrogenase (AtGDH) Complexed With Succinate and ADP-ribose | ||||||
要素 | Glutamate dehydrogenaseグルタミン酸デヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Glutamate dehydrogenase (グルタミン酸デヒドロゲナーゼ) / allostery (アロステリック効果) / Aspergillus (コウジカビ) / enzyme mechanism (酵素反応) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / amino acid metabolic process / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus terreus (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Godsora, B.K.J. / Prakash, P. / Punekar, N.S. / Bhaumik, P. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2022 タイトル: Molecular insights into the inhibition of glutamate dehydrogenase by the dicarboxylic acid metabolites. 著者: Godsora, B.K.J. / Prakash, P. / Punekar, N.S. / Bhaumik, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ecr.cif.gz | 313.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ecr.ent.gz | 248.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ecr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/7ecr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/7ecr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49247.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Succinate and ADP-ribose / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: gdhA, ATETN484_0007063400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T2D1F5 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.68 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M Succinic acid, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年7月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→38.68 Å / Num. obs: 246054 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.11 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 15.38 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.83 Å / 冗長度: 5.93 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 36141 / CC1/2: 0.72 / Rrim(I) all: 0.1 / % possible all: 94.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5XVX 解像度: 1.73→38.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.649 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.827 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.73→38.68 Å
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拘束条件 |
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