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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e9c | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the 1:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome | |||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / nucleosome (ヌクレオソーム) / transcriptional silencing (遺伝子サイレンシング) / chromatin (クロマチン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CDC6 association with the ORC:origin complex / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Condensation of Prophase Chromosomes / maintenance of rDNA / Orc1 removal from chromatin / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 ...CDC6 association with the ORC:origin complex / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Condensation of Prophase Chromosomes / maintenance of rDNA / Orc1 removal from chromatin / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / HDACs deacetylate histones / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / DNA replication preinitiation complex / Oxidative Stress Induced Senescence / replication fork protection complex / RMTs methylate histone arginines / mitotic DNA replication checkpoint signaling / SUMOylation of chromatin organization proteins / silent mating-type cassette heterochromatin formation / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / DNA replication origin binding / rRNA transcription / Estrogen-dependent gene expression / heterochromatin organization / DNA replication initiation / Ub-specific processing proteases / nucleosomal DNA binding / nucleosome binding / CENP-A containing nucleosome / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / nucleosome assembly / chromatin organization / protein heterodimerization activity / DNA修復 / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / DNA binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Jiang, H. / Yu, C. / Liu, C.P. / Han, X. / Yu, Z. / Xu, R.M. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Nucleosome binding relinquishes the association of the BAH domain of Orc1 with Sir1 著者: Jiang, H. / Yu, C. / Liu, C.P. / Han, X. / Yu, Z. / Xu, R.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e9c.cif.gz | 380 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e9c.ent.gz | 277.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e9c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 31029MC 7e9fC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 9分子 AEBFCGDHK
#1: タンパク質 | 分子量: 15146.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 遺伝子: HHT1, YBR010W, YBR0201, HHT2, SIN2, YNL031C, N2749 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61830 #2: タンパク質 | 分子量: 11395.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HHF1, YBR009C, YBR0122, HHF2, YNL030W, N2752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02309 #3: タンパク質 | 分子量: 14013.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HTA2, H2A2, YBL003C, YBL0103 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04912 #4: タンパク質 | 分子量: 14264.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HTB2, H2B2, YBL002W, YBL0104 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02294 #7: タンパク質 | | 分子量: 25439.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC1, YML065W 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P54784 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 45145.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 45604.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.1_3865: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 251525 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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