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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7000000 | ||||||
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タイトル | Trans-3/4-proline-hydroxylase H11 with AKG | ||||||
要素 | Phytanoyl-CoA dioxygenaseフィタノイルCoAジオキシゲナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / L-proline (プロリン) / Trans / Hydroxylase (ヒドロキシル化) / AKG / mutant (ミュータント (人類)) | ||||||
機能・相同性 | フィタノイルCoAジオキシゲナーゼ / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / dioxygenase activity / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / フィタノイルCoAジオキシゲナーゼ 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | uncultured bacterium esnapd13 (環境試料) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Gong, W.G. / Yang, L.Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Trans-3/4-proline-hydroxylase H11 with AKG and L-proline 著者: Gong, W.G. / Yang, L.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e06.cif.gz | 127.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e06.ent.gz | 97.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e06.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/7e06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/7e06 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30108.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) uncultured bacterium esnapd13 (環境試料) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S5TUM1 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.9 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.7M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M Bis-Tris propane (pH 7.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→85.76 Å / Num. obs: 55651 / % possible obs: 99.21 % / 冗長度: 24.3 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 4.257 / Net I/σ(I): 238.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 24 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Num. unique obs: 2892 / CC1/2: 0.973 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.523 / Χ2: 1.68 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6LNS 6lns 解像度: 1.97→85.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.616 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.118 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 138.01 Å2 / Biso mean: 37.999 Å2 / Biso min: 15.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.97→85.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.975→2.026 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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