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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dye | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cyanobacterial Circadian Clock Protein KaiC | ||||||
要素 | Circadian clock protein kinase KaiC | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CLOCK PROTEIN (時計) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 概日リズム / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 概日リズム / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Synechococcus elongatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Furuike, Y. / Akiyama, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Regulation mechanisms of the dual ATPase in KaiC. 著者: Furuike, Y. / Mukaiyama, A. / Koda, S.I. / Simon, D. / Ouyang, D. / Ito-Miwa, K. / Saito, S. / Yamashita, E. / Nishiwaki-Ohkawa, T. / Terauchi, K. / Kondo, T. / Akiyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dye.cif.gz | 183 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dye.ent.gz | 138.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dye.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dye | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7dy1C 2gblS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58026.750 Da / 分子数: 2 / 変異: S431A, T432A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805) (バクテリア) 株: PCC 7942 / FACHB-805 / 遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.44 % |
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結晶化 | 温度: 313 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: sodium/potassium tartrate, sodium acetate, KCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→47.5 Å / Num. obs: 28555 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.612 / Num. unique obs: 3485 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2GBL 解像度: 2.6→47.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.033 / ESU R Free: 0.438 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.57 Å2 / Biso mean: 47.208 Å2 / Biso min: 28.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→47.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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