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万見
- PDB-7duo: Crystal structure of daratumumab fab and CD38 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7duo
タイトルCrystal structure of daratumumab fab and CD38 complex
要素
  • ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
  • Fab heavy chainFragment antigen-binding
  • Fab light chainFragment antigen-binding
キーワードANTITUMOR PROTEIN/HYDROLASE / daratumumab (ダラツムマブ) / CD38 (CD38) / multiple myeloma (多発性骨髄腫) / ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / ANTITUMOR PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / ニコチン酸 / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / ニコチン酸 / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / long-term synaptic depression / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / apoptotic signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transferase activity / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / 核膜 / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / NAD(P)+ヌクレオシダーゼ
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Yu, X.J. / Wang, L. / Yu, C.F.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of daratumumab fab and CD38 complex
著者: Yu, X.J. / Wang, L. / Yu, C.F.
履歴
登録2021年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
B: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
L: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5493
ポリマ－73,5493
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.611, 54.658, 93.052
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.160, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: 抗体 Fab heavy chain / Fragment antigen-binding


分子量: 23595.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / 2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / ADP-ribosyl cyclase 1 / ADPRC 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10


分子量: 26650.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38
発現宿主: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他)
参照: UniProt: P28907, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase
#3: 抗体 Fab light chain / Fragment antigen-binding


分子量: 23302.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization
詳細: 0.2M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→50 Å / Num. obs: 19416 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Net I/σ(I): 12.18
反射 シェル解像度: 2.81→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.183 / Num. unique obs: 19416 / CC1/2: 0.969

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1yh3

1yh3


解像度: 2.81→46.055 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 956 10.01 %
Rwork0.2305 17473 -
obs-19416 96.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.93 Å2 / Biso mean: 36.1454 Å2 / Biso min: 7.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.81→46.055 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5085 0 0 0 5085
残基数----652
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8103-2.88050.3002720.258765451
2.8805-2.95840.32691410.25771255100
2.9584-3.04540.32341430.24611298100
3.0454-3.14370.30071400.24831262100
3.1437-3.25610.26971440.24161296100
3.2561-3.38640.28211450.23351302100
3.3864-3.54040.33551390.22491253100
3.5404-3.7270.2811450.22081303100
3.727-3.96040.26111430.21651286100
3.9604-4.2660.23591450.19881305100
4.266-4.69490.24251430.18141293100
4.6949-5.37340.22231460.18921304100
5.3734-6.76650.27421460.23571317100
6.7665-46.0550.2471510.2245134599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.1934 Å / Origin y: 30.0133 Å / Origin z: 21.1732 Å
111213212223313233
T0.1308 Å20.0161 Å2-0.0003 Å2-0.0747 Å2-0.0162 Å2--0.0992 Å2
L0.2847 °2-0.2435 °2-0.0894 °2-0.2363 °20.3236 °2--0.3756 °2
S-0.0515 Å °-0.0089 Å °0.0011 Å °0.0736 Å °0.1029 Å °0.0075 Å °0.1631 Å °0.031 Å °0.0322 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 222
2X-RAY DIFFRACTION1allB13 - 241
3X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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