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Yorodumi- PDB-7dqc: Crystal structure of nucleotide-free mutant A(S23C)3B(N64C)3 comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dqc | ||||||
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Title | Crystal structure of nucleotide-free mutant A(S23C)3B(N64C)3 complex from Enterococcus hirae V-ATPase | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / V-ATPase / A3B3 / asymmetric structure | ||||||
Function / homology | Function and homology information Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterococcus hirae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.706 Å | ||||||
Authors | Maruyama, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Imai, F.L. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Murata, M. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: The combination of high-speed AFM and X-ray crystallography reveals rotary catalytic mechanism of shaftless V1-ATPase Authors: Imamura, M. / Maruyama, S. / Nakamoto, K. / Kawai, F. / Akiyama, T. / Mizutani, K. / Suzuki, K. / Shirouzu, M. / Iino, R. / Uchihashi, T. / Ando, T. / Murata, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dqc.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dqc.ent.gz | 997.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dqc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3vr2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 66363.867 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: S23C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (bacteria) Gene: ntpA, EHR_08260 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q08636, Na+-transporting two-sector ATPase #2: Protein | Mass: 51709.938 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: N64C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (bacteria) Gene: ntpB, EHR_08265 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q08637 #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 / Details: 25% PEG 3350, 100mM MES-Tris pH 8.5, 100mM NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 21, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.706→44.304 Å / Num. obs: 102939 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.02 % / Biso Wilson estimate: 61.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.109 / Net I/σ(I): 15.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.509
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VR2 Resolution: 2.706→44.304 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.91 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 215.21 Å2 / Biso mean: 83.6003 Å2 / Biso min: 22.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.706→44.304 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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