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- PDB-7dpe: RNA methyltransferase METTL4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dpe
タイトルRNA methyltransferase METTL4
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
  • Methyltransferase-like protein 2
キーワードTRANSFERASE/DNA / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid metabolic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / メチル化 / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
MT-A70-like / MT-A70 / MT-A70-like family profile. / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Methyltransferase-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.751 Å
データ登録者Luo, Q. / Ma, J.B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of RNA m6A methyltransferase METTL4 in complex with DNA at 2.75 Angstroms resolutioon
著者: Luo, Q. / Ma, J.B.
履歴
登録2020年12月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
A: Methyltransferase-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2267
ポリマ－53,4742
非ポリマー7535
水75742
1
A: Methyltransferase-like protein 2
ヘテロ分子

A: Methyltransferase-like protein 2
ヘテロ分子

B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*C)-3')

B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,45314
ポリマ－106,9474
非ポリマー1,50610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area5640 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area38610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.655, 93.494, 70.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*C)-3')


分子量: 5518.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#2: タンパク質 Methyltransferase-like protein 2


分子量: 47955.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g19340, F18O14.6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8LFA9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium malonate pH5.0 and 12% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 14645 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.492 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 81664
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.75-2.853.80.31714380.7970.1730.3630.30397.2
2.85-2.964.50.28114340.9190.1410.3160.34398.4
2.96-3.150.22114640.9610.1050.2450.37399.5
3.1-3.265.30.14214590.9930.0640.1560.4399.9
3.26-3.465.60.11114580.9930.0490.1220.46499.8
3.46-3.735.60.09814690.9910.0440.1080.49499.4
3.73-4.116.30.08114630.9940.0340.0880.53499.7
4.11-4.76.60.06714740.9960.0270.0720.56499.9
4.7-5.916.20.06314850.9960.0270.0680.54799.8
5.91-306.60.05815010.9980.0240.0630.66100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMACv1.0精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.751→29.324 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 26.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 757 5.17 %
Rwork0.2103 --
obs0.213 14631 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 216.66 Å2 / Biso mean: 95.1262 Å2 / Biso min: 29.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.751→29.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2778 365 50 42 3235
Biso mean--69.19 79.26 -
残基数----354
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.775 Å / Origin y: 12.299 Å / Origin z: 83.38 Å
111213212223313233
T0.6174 Å2-0.0351 Å2-0.1624 Å2-0.5701 Å20.0818 Å2--0.5021 Å2
L2.4606 °2-0.5137 °2-0.7657 °2-1.9308 °2-0.2368 °2--2.7843 °2
S0.0009 Å °-0.6409 Å °-0.3038 Å °0.7407 Å °-0.068 Å °-0.8289 Å °0.0282 Å °0.1429 Å °0.1035 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION1A3 - 411
3X-RAY DIFFRACTION1A501
4X-RAY DIFFRACTION1A502
5X-RAY DIFFRACTION1A503
6X-RAY DIFFRACTION1A504
7X-RAY DIFFRACTION1A505
8X-RAY DIFFRACTION1A601 - 632
9X-RAY DIFFRACTION1B101 - 110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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