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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dfa | ||||||
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タイトル | Crystal of Arrestin2-V2Rpp-4-Fab30 complex | ||||||
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機能・相同性 | ![]() MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / clathrin heavy chain binding / clathrin coat of coated pit / Ub-specific processing proteases / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis ...MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / clathrin heavy chain binding / clathrin coat of coated pit / Ub-specific processing proteases / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, J.P. / Yu, X. / Xiao, P. / He, Q.T. / Lin, J.Y. / Zhu, Z.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural studies of phosphorylation-dependent interactions between the V2R receptor and arrestin-2. 著者: He, Q.T. / Xiao, P. / Huang, S.M. / Jia, Y.L. / Zhu, Z.L. / Lin, J.Y. / Yang, F. / Tao, X.N. / Zhao, R.J. / Gao, F.Y. / Niu, X.G. / Xiao, K.H. / Wang, J. / Jin, C. / Sun, J.P. / Yu, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 48272.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 26828.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 24751.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2910.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#5: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 % |
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結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 10% PEG 3350, 0.1M Succinic acid, pH 6.5-7.5, 0.2mM DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.54→46.42 Å / Num. obs: 34294 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 75.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.54→2.65 Å / Num. unique obs: 4154 / CC1/2: 0.614 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4JQI 解像度: 2.54→46.42 Å / SU ML: 0.4708 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.1703 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.54→46.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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