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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7df9 | ||||||
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タイトル | Crystal of Arrestin2-V2Rpp-1-Fab30 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Arrestin (アレスチン) / G-protein-coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / Phosphopeptide / Antibody fragment | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / clathrin heavy chain binding / clathrin coat of coated pit / Ub-specific processing proteases / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis ...MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / clathrin heavy chain binding / clathrin coat of coated pit / Ub-specific processing proteases / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / inositol hexakisphosphate binding / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-dependent endocytosis / G protein-coupled receptor internalization / acetylcholine receptor binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (s) signalling events / clathrin binding / negative regulation of Notch signaling pathway / 仮足 / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / small molecule binding / positive regulation of receptor internalization / 視覚 / G protein-coupled receptor binding / receptor internalization / protein transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / molecular adaptor activity / positive regulation of protein phosphorylation / シグナル伝達 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, J.P. / Yu, X. / Xiao, P. / He, Q.T. / Lin, J.Y. / Zhu, Z.L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural studies of phosphorylation-dependent interactions between the V2R receptor and arrestin-2. 著者: He, Q.T. / Xiao, P. / Huang, S.M. / Jia, Y.L. / Zhu, Z.L. / Lin, J.Y. / Yang, F. / Tao, X.N. / Zhao, R.J. / Gao, F.Y. / Niu, X.G. / Xiao, K.H. / Wang, J. / Jin, C. / Sun, J.P. / Yu, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7df9.cif.gz | 166.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7df9.ent.gz | 122.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7df9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/7df9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/7df9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48272.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ARRB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17870 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2996.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 抗体 | 分子量: 24751.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#4: 抗体 | 分子量: 26828.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 10% PEG 3350, 0.1M Succinic acid, pH 6.5-7.5, 0.2mM DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97736 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97736 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.17→46.52 Å / Num. obs: 17687 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 101.63 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.17→3.39 Å / Rmerge(I) obs: 1.459 / Num. unique obs: 3145 / CC1/2: 0.783 / Rpim(I) all: 0.875 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4jqi 解像度: 3.17→38.25 Å / SU ML: 0.8259 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 37.9638 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 107.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.17→38.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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