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- PDB-7ddq: Structure of RC-LH1-PufX from Rhodobacter veldkampii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ddq
タイトルStructure of RC-LH1-PufX from Rhodobacter veldkampii
要素
  • (Antenna pigment protein ...Photosynthetic pigment) x 2
  • (Photosynthetic reaction center ...Photosynthetic reaction centre) x 2
  • PufX
  • Reaction center protein M chainPhotosynthetic reaction centre
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / membrane protein (膜タンパク質) / light-harvesting / reaction center / pufx
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex ...Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / バクテリオクロロフィル / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Antenna pigment protein beta chain / Reaction center protein M chain / Uncharacterized protein / Photosynthetic reaction center subunit H ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / バクテリオクロロフィル / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Antenna pigment protein beta chain / Reaction center protein M chain / Uncharacterized protein / Photosynthetic reaction center subunit H / Antenna pigment protein alpha chain / Photosynthetic reaction center L subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Bracun, L. / Yamagata, A. / Shirouzu, M. / Liu, L.N.
資金援助 英国, 日本, 5件
組織認可番号国
Royal Society180030 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)R003890 英国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101082 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101115 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP 19H03162 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the photosynthetic RC-LH1-PufX supercomplex at 2.8-Å resolution.
著者: Laura Bracun / Atsushi Yamagata / Bern M Christianson / Tohru Terada / Daniel P Canniffe / Mikako Shirouzu / Lu-Ning Liu /
要旨: The reaction center (RC)-light-harvesting complex 1 (LH1) supercomplex plays a pivotal role in bacterial photosynthesis. Many RC-LH1 complexes integrate an additional protein PufX that is key for ...The reaction center (RC)-light-harvesting complex 1 (LH1) supercomplex plays a pivotal role in bacterial photosynthesis. Many RC-LH1 complexes integrate an additional protein PufX that is key for bacterial growth and photosynthetic competence. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of the RC-LH1-PufX supercomplex from at 2.8-Å resolution. The RC-LH1-PufX monomer contains an LH ring of 15 αβ-polypeptides with a 30-Å gap formed by PufX. PufX acts as a molecular "cross brace" to reinforce the RC-LH1 structure. The unusual PufX-mediated large opening in the LH1 ring and defined arrangement of proteins and cofactors provide the molecular basis for the assembly of a robust RC-LH1-PufX supercomplex and efficient quinone transport and electron transfer. These architectural features represent the natural strategies for anoxygenic photosynthesis and environmental adaptation.
履歴
登録2020年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年7月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id
改定 2.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30656
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
o: Antenna pigment protein alpha chain
N: Antenna pigment protein beta chain
t: Antenna pigment protein alpha chain
S: Antenna pigment protein beta chain
r: Antenna pigment protein alpha chain
O: Antenna pigment protein beta chain
a: Antenna pigment protein alpha chain
U: Antenna pigment protein beta chain
e: Antenna pigment protein alpha chain
D: Antenna pigment protein beta chain
b: Antenna pigment protein alpha chain
A: Antenna pigment protein beta chain
k: Antenna pigment protein alpha chain
J: Antenna pigment protein beta chain
f: Antenna pigment protein alpha chain
E: Antenna pigment protein beta chain
u: Antenna pigment protein alpha chain
T: Antenna pigment protein beta chain
X: PufX
s: Antenna pigment protein alpha chain
R: Antenna pigment protein beta chain
n: Antenna pigment protein alpha chain
K: Antenna pigment protein beta chain
i: Antenna pigment protein alpha chain
G: Antenna pigment protein beta chain
j: Antenna pigment protein alpha chain
I: Antenna pigment protein beta chain
L: Photosynthetic reaction center L subunit
M: Reaction center protein M chain
H: Photosynthetic reaction center subunit H
g: Antenna pigment protein alpha chain
F: Antenna pigment protein beta chain
d: Antenna pigment protein alpha chain
B: Antenna pigment protein beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,12196
ポリマ－285,44834
非ポリマー49,67362
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area182360 Å2
ΔGint-1434 kcal/mol
Surface area91320 Å2

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要素

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Antenna pigment protein ... , 2種, 30分子 otraebkfusnijgdNSOUDAJETRKGIFB

#1: タンパク質
Antenna pigment protein alpha chain / Photosynthetic pigment


分子量: 6699.024 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2T4JIR4
#2: タンパク質・ペプチド
Antenna pigment protein beta chain / Photosynthetic pigment


分子量: 5551.439 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2T4JIL7

-
タンパク質 , 2種, 2分子 XM

#3: タンパク質 PufX


分子量: 8923.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2T4JIP3
#5: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction centre / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34425.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2T4JIN0

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Photosynthetic reaction center ... , 2種, 2分子 LH

#4: タンパク質 Photosynthetic reaction center L subunit / Reaction center protein L chain


分子量: 30896.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2T4JIS6
#6: タンパク質 Photosynthetic reaction center subunit H / Photosynthetic reaction centre


分子量: 27445.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2T4JIP4

-
非ポリマー , 6種, 62分子

#7: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A / バクテリオクロロフィル


分子量: 911.504 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#8: 化合物
ChemComp-SPO / SPHEROIDENE / (13Z)-3,4-ジデヒドロ-1,2,7′,8′-テトラヒドロ-1-メトキシ-ψ,ψ-カロテン


分子量: 568.914 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H60O
#9: 化合物
ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) / ユビキノン


分子量: 863.343 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#10: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン / フェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#11: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#12: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 748.065 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosynthetic core complex featuring reaction center, LH1 and PufX
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #3-#6 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Rhodobacter veldkampii DSM 11550 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184921 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00823465
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.26832317
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.6714004
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0543244
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053949

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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