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- PDB-7dd9: Cryo-EM structure of the Ams1 and Nbr1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dd9
タイトルCryo-EM structure of the Ams1 and Nbr1 complex
要素Alpha-mannosidase,ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11c,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / signaling protein / autophagy (オートファジー)
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-oligosaccharide 1,6-alpha-mannosidase activity / mannosyl-oligosaccharide 1,3-alpha-mannosidase activity / NVT complex / Lysosomal oligosaccharide catabolism / Pexophagy / alpha-mannosidase / fungal-type vacuole lumen / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / alpha-mannosidase activity / mannose metabolic process ...mannosyl-oligosaccharide 1,6-alpha-mannosidase activity / mannosyl-oligosaccharide 1,3-alpha-mannosidase activity / NVT complex / Lysosomal oligosaccharide catabolism / Pexophagy / alpha-mannosidase / fungal-type vacuole lumen / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / alpha-mannosidase activity / mannose metabolic process / oligosaccharide catabolic process / fungal-type vacuole membrane / cargo receptor activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / エンドソーム / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / ペリプラズム / DNA damage response / ゴルジ体 / zinc ion binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Next to BRCA1, central domain / Ig-like domain from next to BRCA1 gene / Glycosyl hydrolases family 38, C-terminal beta sandwich domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 38, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 38, C-terminal / Glycoside hydrolase family 38, central domain / Glycoside hydrolase family 38, central domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 38 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal domain ...Next to BRCA1, central domain / Ig-like domain from next to BRCA1 gene / Glycosyl hydrolases family 38, C-terminal beta sandwich domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 38, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 38, C-terminal / Glycoside hydrolase family 38, central domain / Glycoside hydrolase family 38, central domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 38 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal domain / Alpha mannosidase middle domain / Alpha mannosidase, middle domain / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase families 57/38, central domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11c / Alpha-mannosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhang, J. / Ye, K.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071199, 91940302 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37010201 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0504600 中国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: Molecular and structural mechanisms of ZZ domain-mediated cargo selection by Nbr1.
著者: Ying-Ying Wang / Jianxiu Zhang / Xiao-Man Liu / Yulu Li / Jianhua Sui / Meng-Qiu Dong / Keqiong Ye / Li-Lin Du /
要旨: In selective autophagy, cargo selectivity is determined by autophagy receptors. However, it remains scarcely understood how autophagy receptors recognize specific protein cargos. In the fission yeast ...In selective autophagy, cargo selectivity is determined by autophagy receptors. However, it remains scarcely understood how autophagy receptors recognize specific protein cargos. In the fission yeast Schizosaccharomyces pombe, a selective autophagy pathway termed Nbr1-mediated vacuolar targeting (NVT) employs Nbr1, an autophagy receptor conserved across eukaryotes including humans, to target cytosolic hydrolases into the vacuole. Here, we identify two new NVT cargos, the mannosidase Ams1 and the aminopeptidase Ape4, that bind competitively to the first ZZ domain of Nbr1 (Nbr1-ZZ1). High-resolution cryo-EM analyses reveal how a single ZZ domain recognizes two distinct protein cargos. Nbr1-ZZ1 not only recognizes the N-termini of cargos via a conserved acidic pocket, similar to other characterized ZZ domains, but also engages additional parts of cargos in a cargo-specific manner. Our findings unveil a single-domain bispecific mechanism of autophagy cargo recognition, elucidate its underlying structural basis, and expand the understanding of ZZ domain-mediated protein-protein interactions.
履歴
登録2020年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30650
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30650
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-mannosidase,ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11c,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
C: Alpha-mannosidase,ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11c,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
E: Alpha-mannosidase,ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11c,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
G: Alpha-mannosidase,ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11c,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)715,19016
ポリマ－714,4054
非ポリマー78512
水17,096949
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Alpha-mannosidase,ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11c,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Alpha-D-mannoside mannohydrolase / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP


分子量: 178601.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein comprises of the full-length Ams1, a linker sequence (GFKKASSSDNKEQ), residues 53-180 of Nbr1, and maltose binding protein (MBP).
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母), (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: ams1, mns2, SPAC513.05, SPBP35G2.11c, malE, b4034, JW3994
発現宿主: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
参照: UniProt: Q9UT61, UniProt: Q9P792, UniProt: P0AEX9, alpha-mannosidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 949 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ams1 and Nbr1 fusion protein / タイプ: COMPLEX
詳細: The fusion protein comprises of the full-length Ams1, a linker sequence (GFKKASSSDNKEQ), residues 53-180 of Nbr1, and maltose binding protein (MBP).
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.52 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)284812
21Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)83333
由来(組換発現)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris hydrochlorideTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2150 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
35 mMMagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8.9 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 2430
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Tridiem 4K / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.53粒子像選択
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3.0-beta初期オイラー角割当
11RELION3.0-beta最終オイラー角割当
12RELION3.0-beta分類
13RELION3.0-beta３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 296884 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 36.84 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007337124
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.701250372
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05135464
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00396516
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.12174836

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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