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- PDB-7d6r: Crystal structure of the Stx2a complexed with MMA betaAla peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d6r
タイトルCrystal structure of the Stx2a complexed with MMA betaAla peptide
要素
  • MMA betaAla peptide
  • Shiga toxin 2 B subunit
  • rRNA N-glycosylaseRRNA-N-グリコシラーゼ
キーワードTOXIN (毒素) / Shiga toxin (ベロ毒素)
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis by symbiont of host erythrocytes / RRNA-N-グリコシラーゼ / rRNA N-glycosylase activity / 代謝 / toxin activity / negative regulation of translation / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Shiga-like toxin, subunit A / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / エンテロトキシン / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / Shiga toxin 2 B subunit / RRNA-N-グリコシラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Takahashi, M. / Tamada, M. / Hibino, M. / Senda, M. / Okuda, A. / Miyazawa, A. / Senda, T. / Nishikawa, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101001 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Identification of a peptide motif that potently inhibits two functionally distinct subunits of Shiga toxin.
著者: Watanabe-Takahashi, M. / Tamada, M. / Senda, M. / Hibino, M. / Shimizu, E. / Okuta, A. / Miyazawa, A. / Senda, T. / Nishikawa, K.
履歴
登録2020年10月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA N-glycosylase
B: Shiga toxin 2 B subunit
C: Shiga toxin 2 B subunit
D: Shiga toxin 2 B subunit
E: Shiga toxin 2 B subunit
F: Shiga toxin 2 B subunit
G: MMA betaAla peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,40811
ポリマ－73,6037
非ポリマー8054
水7,026390
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14360 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.489, 146.489, 60.162
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 rRNA N-glycosylase / RRNA-N-グリコシラーゼ / Shiga toxin 2 A subunit


分子量: 33228.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: stx2a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XBV2, RRNA-N-グリコシラーゼ
#2: タンパク質
Shiga toxin 2 B subunit


分子量: 7824.590 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: stxII, stx2B, stx2B_2, stx2dB, stx2vB, stxB2, vtx2B
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7DJJ2
#3: タンパク質・ペプチド MMA betaAla peptide


分子量: 1251.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-1PS / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / 1-(3-SULFOPROPYL) PYRIDINIUM / PPS


分子量: 201.243 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H11NO3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細Chain G has amidation of C-terminus.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4 M sodium formate, 100 mM MES pH 6.5, 50 mM 3-(1-Pyridinio)-1-propanesulfonate (PPS)

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月11日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→73.25 Å / Num. obs: 97151 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 17.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21.48
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 6.37 / Num. unique obs: 14626

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R4P

1r4p


解像度: 1.6→73.24 Å / SU ML: 0.1484 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.624
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1973 4858 5 %
Rwork0.1745 --
obs0.1756 97145 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→73.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4937 0 58 390 5385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00565131
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76976963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0548782
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046897
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2483647
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.620.24651610.20853063X-RAY DIFFRACTION100
1.62-1.640.22731600.19753039X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.660.21691610.19243055X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.680.22361620.19333073X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.70.2271610.19063056X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.720.21271620.18543094X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.750.22921600.18883029X-RAY DIFFRACTION99.97
1.75-1.770.23941620.1863073X-RAY DIFFRACTION99.97
1.77-1.80.20911610.18583062X-RAY DIFFRACTION99.97
1.8-1.830.17781600.18063048X-RAY DIFFRACTION99.94
1.83-1.860.20721610.17983056X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.90.23751610.1833050X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.930.19921630.19243104X-RAY DIFFRACTION99.79
1.93-1.970.21111590.17493028X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.020.19991630.17383082X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.060.24981620.1783086X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.110.21421610.17153049X-RAY DIFFRACTION99.94
2.11-2.170.18711620.17063081X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.240.21941610.17723072X-RAY DIFFRACTION99.94
2.24-2.310.191620.17323070X-RAY DIFFRACTION99.94
2.31-2.390.16831610.16853061X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.490.21321620.18033077X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.60.22331630.18563087X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.740.22311620.19213088X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.910.21551620.19283079X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.130.2051630.18343090X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.450.19881630.1733106X-RAY DIFFRACTION99.94
3.45-3.950.18321640.15613107X-RAY DIFFRACTION99.91
3.95-4.970.12911640.13713123X-RAY DIFFRACTION99.97
4.97-73.240.19551690.18313199X-RAY DIFFRACTION99.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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