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- PDB-7d6m: Crystal structure of tick-borne encephalitis virus methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d6m
タイトルCrystal structure of tick-borne encephalitis virus methyltransferase
要素Tick-borne encephalitis virus methyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity ...フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. ...Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシルメチオニン / カプシド
類似検索 - 構成要素
生物種Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.894 Å
データ登録者Yang, J. / Jing, X. / Gong, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0507200 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of tick-borne encephalitis virus
著者: Yang, J. / Jing, X. / Zhang, B. / Zheng, Z. / Gong, P.
履歴
登録2020年10月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tick-borne encephalitis virus methyltransferase
B: Tick-borne encephalitis virus methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3604
ポリマ－60,5632
非ポリマー7972
水3,027168
1
A: Tick-borne encephalitis virus methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6802
ポリマ－30,2821
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tick-borne encephalitis virus methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6802
ポリマ－30,2821
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.027, 49.468, 85.274
Angle α, β, γ (deg.)79.660, 82.780, 77.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Tick-borne encephalitis virus methyltransferase


分子量: 30281.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)
株: WH2012 / 遺伝子: NS5 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: A0A0E3UPZ3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 8000, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→47.62 Å / Num. obs: 38316 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 23.79 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 74024
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 1.9 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.89-1.940.368455124160.6390.3680.521384.7
9.08-47.620.0327233790.9960.0320.04517.595.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XSCALEデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OXT

2oxt


解像度: 1.894→38.84 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2706 1891 4.94 %
Rwork0.2225 36367 -
obs0.2248 38258 87.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.18 Å2 / Biso mean: 28.9785 Å2 / Biso min: 13.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.894→38.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3998 0 54 168 4220
Biso mean--25.18 30.6 -
残基数----520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9225602
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061615
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006717
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4432455
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8943-1.94170.40181180.351256585
1.9417-1.99420.3651370.3041257689
1.9942-2.05290.34451370.2599259386
2.0529-2.11910.3041170.2661240483
2.1191-2.19490.33491260.2462252484
2.1949-2.28280.31111320.2693262390
2.2828-2.38660.31241470.241274892
2.3866-2.51240.3311290.2296267490
2.5124-2.66980.31831510.2309262889
2.6698-2.87590.2591500.2324255687
2.8759-3.16520.26081390.2289236580
3.1652-3.62290.23721420.1966275694
3.6229-4.56330.23041480.1846272292
4.5633-38.840.21371180.1966263389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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