PDB-7d2e: Tetrameric coiled-coil structure of liprin-alpha2_H3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d2e

タイトル

Tetrameric coiled-coil structure of liprin-alpha2_H3

要素

Liprin-alpha-2

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) /

Coiled-coil (コイルドコイル)

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of presynapse / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / dense core granule cytoskeletal transport / postsynaptic specialization / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / regulation of dendritic spine development / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Liang, M. / Wei, Z.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Oligomerized liprin-alpha promotes phase separation of ELKS for compartmentalization of presynaptic active zone proteins.
著者: Liang, M. / Jin, G. / Xie, X. / Zhang, W. / Li, K. / Niu, F. / Yu, C. / Wei, Z.

履歴

登録	2020年9月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d2e.cif.gz	114.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d2e.ent.gz	89.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d2gC 7d2hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u1c-1 3uf1-1 3u1c-2 3u59-2 2a2t-d 2qa7-2 3u59-1 4rfx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Liprin-alpha-2

B: Liprin-alpha-2

C: Liprin-alpha-2

D: Liprin-alpha-2

34.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.307, 71.293, 53.473
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.690, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Liprin-alpha-2 / Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein alpha-2 / PTPRF- ...Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein alpha-2 / PTPRF-interacting protein alpha-2 分子量: 8665.760 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 164-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPFIA2 / プラスミド: pET32m / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75334
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Liprin-alpha-2 / Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein alpha-2 / PTPRF- ...

分子量: 8665.760 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 164-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPFIA2 / プラスミド: pET32m / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75334

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 10% w/v Polyethylene glycol 6,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 30192 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.037 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.043 / Χ²: 0.903 / Net I/σ(I): 15.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	3.7	0.757	1528	0.744	0.457	0.886	0.94	99.5
1.73-1.76	3.7	0.699	1508	0.799	0.422	0.818	0.953	99.5
1.76-1.79	3.7	0.527	1515	0.88	0.317	0.616	0.988	99.6
1.79-1.83	3.7	0.412	1536	0.913	0.247	0.482	0.961	99.5
1.83-1.87	3.7	0.366	1508	0.927	0.22	0.428	0.958	99.7
1.87-1.91	3.7	0.273	1540	0.949	0.165	0.32	0.997	99.8
1.91-1.96	3.7	0.18	1490	0.979	0.108	0.21	0.931	99.7
1.96-2.02	3.7	0.147	1571	0.975	0.088	0.171	0.934	99.8
2.02-2.07	3.7	0.102	1503	0.987	0.061	0.119	0.898	99.8
2.07-2.14	3.7	0.077	1535	0.991	0.046	0.09	0.81	99.9
2.14-2.22	3.8	0.062	1518	0.993	0.037	0.073	0.787	99.8
2.22-2.31	3.8	0.05	1520	0.994	0.03	0.058	0.763	99.8
2.31-2.41	3.7	0.043	1553	0.995	0.026	0.05	0.792	100
2.41-2.54	3.7	0.044	1533	0.994	0.026	0.052	1.004	100
2.54-2.7	3.7	0.047	1524	0.992	0.028	0.055	1.311	100
2.7-2.91	3.7	0.044	1524	0.993	0.027	0.051	1.377	99.9
2.91-3.2	3.7	0.038	1545	0.994	0.023	0.045	1.236	99.9
3.2-3.66	3.7	0.023	1529	0.998	0.014	0.027	0.512	99.5
3.66-4.61	3.6	0.019	1453	0.997	0.012	0.022	0.358	94.2
4.61-50	3.6	0.022	1259	0.997	0.013	0.026	0.366	79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→50 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2685	1514	5 %
R_work	0.2394	28739	-
obs	0.2409	30192	98.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.47 Å² / B_iso mean: 46.1563 Å² / B_iso min: 16.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1962	0	0	123	2085
B_iso mean	-	-	-	45.42	-
残基数	-	-	-	-	242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2011
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.758	2700
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	319
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	352
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.767	802

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7-1.7534	0.3336	138	0.3322	2610	98
1.7534-1.8161	0.3444	138	0.3109	2637	99
1.8161-1.8888	0.3636	139	0.3071	2634	100
1.8888-1.9747	0.2955	140	0.2741	2655	100
1.9747-2.0788	0.3003	138	0.2649	2631	99
2.0788-2.209	0.2448	139	0.2479	2638	100
2.209-2.3794	0.2712	141	0.2408	2671	100
2.3794-2.6186	0.2694	140	0.2314	2655	100
2.6186-2.997	0.2871	140	0.2513	2648	100
2.997-3.774	0.2568	139	0.2167	2641	99
3.774-50	0.2438	122	0.2227	2319	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1353	1.5862	2.3677	0.9083	3.2584	5.9084	0.2073	-0.0615	-0.1833	-0.1294	-0.0947	-0.0414	0.5207	0.2105	-0.0276	0.4443	0.1661	-0.0303	0.3202	-0.0777	0.352	11.0627	17.5192	8.9209
2	3.8203	2.7423	5.6386	2.3943	3.9738	7.9135	-0.12	-0.4654	-0.2347	-0.141	0.1307	-0.1025	-1.0578	-0.7109	0.1666	0.4356	0.0306	0.0332	0.3019	-0.0373	0.3891	-15.6995	-0.3217	-54.124
3	1.1634	1.0654	3.3077	1.2732	2.8897	6.8052	0.2379	0.0267	-0.1354	0.185	0.0356	-0.0152	0.3705	0.1261	-0.2917	0.211	0.0045	0.0541	0.2894	-0.036	0.2904	-13.6952	-6.4491	-52.9055
4	3.9539	2.3918	5.1837	1.0938	3.1923	6.8546	-0.3344	-0.1713	-0.0428	-0.5561	0.0186	0.1412	-0.8865	-0.2634	0.3657	0.3508	0.0556	-0.049	0.2658	-0.0153	0.2779	10.9391	23.646	7.8561

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'	A	168 - 229
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'	B	169 - 226
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'	C	169 - 227
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D'	D	169 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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