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- PDB-7d1g: Crystal structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase GAP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d1g
タイトルCrystal structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase GAPDH from Clostridium beijerinckii
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenaseGlyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase GAPDH / Clostridium beijerinckii
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-メルカプトエタノール / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium beijerinckii NCIMB 8052 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Chen, Y. / Lan, J. / Liu, W. / Wang, L. / Xu, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31200556 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21272031 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase GAPDH from Clostridium beijerinckii
著者: Chen, Y. / Lan, J. / Liu, W. / Wang, L. / Xu, Y.
履歴
登録2020年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0273
ポリマ－35,9251
非ポリマー1022
水6,630368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.640, 120.640, 122.135
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-822-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase


分子量: 35924.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium beijerinckii NCIMB 8052 (バクテリア)
株: NCIMB 8052 / 遺伝子: Cbei_0597 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12
参照: UniProt: A6LR04, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.91 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 8.5 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate 30% v/v Polyethylene glycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 71898 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 23.58 Å2 / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 34.22
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / Num. unique obs: 2218 / Rsym value: 0.839

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.58→42.91 Å / SU ML: 0.1484 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.5617
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2113 3588 5 %
Rwork0.1931 68216 -
obs0.194 71804 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→42.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2491 0 5 368 2864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.923437
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.35162090
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.60.3111350.26962316X-RAY DIFFRACTION90.18
1.6-1.620.2981460.27222608X-RAY DIFFRACTION100
1.62-1.640.28881130.26842586X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.670.27291280.25242627X-RAY DIFFRACTION99.96
1.67-1.70.2641370.25172587X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.720.26631410.23972599X-RAY DIFFRACTION99.96
1.72-1.750.30011440.23342595X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.780.26161290.22882580X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.860.23871340.22862601X-RAY DIFFRACTION99.96
1.86-1.90.24631410.22412591X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.940.24781370.21182619X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.990.20771590.20482590X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.040.21991420.20472609X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.10.25121320.20172624X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.250.19621290.19092641X-RAY DIFFRACTION99.96
2.34-2.440.24281330.192643X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.570.23951460.20082652X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.730.22431320.1952658X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.950.25381400.20152656X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.710.19261550.17972681X-RAY DIFFRACTION99.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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