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- PDB-7cwy: Crystal structure of a tyrosine decarboxylase from Enterococcus f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cwy
タイトルCrystal structure of a tyrosine decarboxylase from Enterococcus faecalis in complex with the cofactor PLP
要素Decarboxylase脱炭酸酵素
キーワードLYASE (リアーゼ) / Catalytic / binding pocket (活性部位) / tyrosine decarboxylase (チロシンデカルボキシラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


チロシンデカルボキシラーゼ / tyrosine decarboxylase activity / aromatic-L-amino-acid decarboxylase activity / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Tyrosine decarboxylase, C-terminal / Tyrosine decarboxylase, bacteria / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
チロシンデカルボキシラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Yu, X. / Gong, M. / Huang, J. / Liu, W. / Chen, C. / Guo, R.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a tyrosine decarboxylase from Enterococcus faecalis in complex with the cofactor PLP
著者: Yu, X. / Gong, M. / Huang, J. / Liu, W. / Chen, C. / Guo, R.
履歴
登録2020年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decarboxylase
B: Decarboxylase
C: Decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,0863
ポリマ－211,0863
非ポリマー00
水2,846158
1
A: Decarboxylase

A: Decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,7242
ポリマ－140,7242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area13960 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area38250 Å2
手法PISA
2
B: Decarboxylase
C: Decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,7242
ポリマ－140,7242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13990 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area37240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.527, 132.527, 390.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-780-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 8 through 417 or resid 428 through 486 or resid 493 through 615))
21(chain B and (resid 8 through 486 or resid 493 through 615))
31(chain C and resid 8 through 615)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 8 through 417 or resid 428 through 486 or resid 493 through 615))AA8 - 4178 - 417
12ILEILEPHEPHE(chain A and (resid 8 through 417 or resid 428 through 486 or resid 493 through 615))AA428 - 486428 - 486
13ILEILEGLNGLN(chain A and (resid 8 through 417 or resid 428 through 486 or resid 493 through 615))AA493 - 615493 - 615
21LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 8 through 486 or resid 493 through 615))BB8 - 4868 - 486
22ILEILEGLNGLN(chain B and (resid 8 through 486 or resid 493 through 615))BB493 - 615493 - 615
31LYSLYSGLNGLN(chain C and resid 8 through 615)CC8 - 6158 - 615

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要素

#1: タンパク質 Decarboxylase / 脱炭酸酵素 / Tyrosine decarboxylase


分子量: 70362.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
遺伝子: tyrDC, ddc, ELS84_1624, KUB3007_C03520, NCTC8729_00604
プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KXD2, EC: 4.1.1.86
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / Mosaicity: 0.808 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 1000, 0.2 M Mgcl2 and 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月22日
放射モノクロメーター: LN2 cooled Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→25 Å / Num. obs: 63827 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.297 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 730013
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.59-2.6811.10.84762560.8540.2660.8890.86999.3
2.68-2.7911.50.56862490.9360.1740.5950.89899.2
2.79-2.9211.80.42362600.9620.1280.4420.9599.4
2.92-3.0711.90.31163000.9780.0930.3250.98699.4
3.07-3.2611.80.22563120.9870.0680.2351.07699.5
3.26-3.5111.80.14763460.9940.0440.1541.26899.6
3.51-3.8711.80.09263740.9980.0280.0961.53699.5
3.87-4.4211.50.06364320.9990.0190.0661.75699.4
4.42-5.5611.30.0565060.9990.0160.0521.7999.5
5.56-2510.10.04167920.9990.0140.0441.85498.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HSI

5hsi


解像度: 2.59→24.95 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 3173 5 %
Rwork0.1959 60235 -
obs0.1985 63408 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.31 Å2 / Biso mean: 53.1682 Å2 / Biso min: 19.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→24.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14294 0 0 158 14452
Biso mean---45.47 -
残基数----1799
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5358X-RAY DIFFRACTION6.699TORSIONAL
12B5358X-RAY DIFFRACTION6.699TORSIONAL
13C5358X-RAY DIFFRACTION6.699TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.59-2.680.33393100.26645900621099
2.68-2.790.33693120.26085914622699
2.79-2.920.33473110.25135926623799
2.92-3.070.29453130.24065942625599
3.07-3.260.32683150.24959576272100
3.26-3.510.28453150.230960076322100
3.51-3.870.26383170.19616019633699
3.87-4.420.22933220.17186075639799
4.42-5.560.20213220.154361536475100
5.56-24.950.17963360.16256342667898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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