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- PDB-7cu5: N-Glycosylation of PD-1 and glycosylation dependent binding of PD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cu5
タイトルN-Glycosylation of PD-1 and glycosylation dependent binding of PD-1 specific monoclonal antibody camrelizumab
要素
  • Programmed cell death protein 1PD-1
  • camrelizumab-scFv
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Camrelizumab / glycosylation (グリコシル化) / PD-1. (PD-1)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PD-1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Liu, K.F. / Tan, S.G. / Jin, W.J. / Guan, J.W. / Wang, W.L. / Sun, H. / Qi, J.X. / Yan, J.H. / Chai, Y. / Wang, Z.F. ...Liu, K.F. / Tan, S.G. / Jin, W.J. / Guan, J.W. / Wang, W.L. / Sun, H. / Qi, J.X. / Yan, J.H. / Chai, Y. / Wang, Z.F. / Chu, X.D. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2020
タイトル: N-glycosylation of PD-1 promotes binding of camrelizumab.
著者: Liu, K. / Tan, S. / Jin, W. / Guan, J. / Wang, Q. / Sun, H. / Qi, J. / Yan, J. / Chai, Y. / Wang, Z. / Deng, C. / Gao, G.F.
履歴
登録2020年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: camrelizumab-scFv
E: Programmed cell death protein 1
A: camrelizumab-scFv
Q: Programmed cell death protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,83411
ポリマ－76,2394
非ポリマー3,5947
水0
1
Q: Programmed cell death protein 1
ヘテロ分子

B: camrelizumab-scFv
A: camrelizumab-scFv

E: Programmed cell death protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,83411
ポリマ－76,2394
非ポリマー3,5947
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_465x-1,y+1,z1
crystal symmetry operation1_366x-2,y+1,z+11
Buried area11230 Å2
ΔGint44 kcal/mol
Surface area32410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.108, 77.622, 96.051
Angle α, β, γ (deg.)69.381, 78.444, 88.566
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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抗体 / タンパク質 , 2種, 4分子 BAEQ

#1: 抗体 camrelizumab-scFv


分子量: 24791.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / PD-1 / hPD-1


分子量: 13327.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15116

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糖 , 4種, 7分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-3/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-3/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M cadmium chloride, 0.1M Na acetate, pH4.6, 30 %(v/v) PEG 400 a month later.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 27286 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 34.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.692 / Num. unique obs: 2726

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WT9

5wt9


解像度: 2.81→29.69 Å / SU ML: 0.3635 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.4888
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2515 1234 4.73 %
Rwork0.2123 24880 -
obs0.2141 26114 93.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5486 0 0 0 5486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00475610
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67817621
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464881
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052956
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.78722082
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.81-2.920.33271130.29671873X-RAY DIFFRACTION64.19
2.92-3.050.36021620.28772742X-RAY DIFFRACTION93.65
3.05-3.210.36381390.27172899X-RAY DIFFRACTION98.38
3.21-3.410.26821390.25922880X-RAY DIFFRACTION97.8
3.41-3.680.28881410.25042851X-RAY DIFFRACTION96.36
3.68-4.050.2811010.23522909X-RAY DIFFRACTION97.76
4.05-4.630.19891470.16652892X-RAY DIFFRACTION97.78
4.63-5.830.1881500.16152901X-RAY DIFFRACTION99.38
5.83-29.680.2171420.17942933X-RAY DIFFRACTION98.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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