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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7csj | ||||||
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タイトル | Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase from Mycolicibacterium smegmatis-Complex with Coenzyme A and Gentamicin | ||||||
要素 | Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / aminoglycoside acetyltransferase / antibiotics (抗生物質) / gentamicin (ゲンタマイシン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.168 Å | ||||||
データ登録者 | Jeong, C.S. / Hwang, J. / Do, H. / Lee, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020 タイトル: Structural and biochemical analyses of an aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase from Mycolicibacterium smegmatis. 著者: Jeong, C.S. / Hwang, J. / Do, H. / Cha, S.S. / Oh, T.J. / Kim, H.J. / Park, H.H. / Lee, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7csj.cif.gz | 92.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7csj.ent.gz | 68.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7csj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7csj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7csj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23198.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 遺伝子: aac, MSMEG_0434, MSMEI_0423 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P94968, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-51G / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.51 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M sodium citrate: citric acid (pH 5.5), 20% (w/v) PEG 3000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.168→50 Å / Num. obs: 20679 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 37.985 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.21 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 4.46 / Num. unique obs: 791 / % possible all: 76.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7CRM 解像度: 2.168→41.95 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.168→41.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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