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万見
- PDB-7cpo: Crystal Structure of Anolis carolinensis MHC I complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cpo
タイトルCrystal Structure of Anolis carolinensis MHC I complex
要素
  • HIS-VAL-TYR-GLY-PRO-LEU-LYS-PRO-ILE
  • MHC CLASS I ANTIGEN
  • beta2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MHC / IMMUNOLOGY (免疫学)
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / membrane => GO:0016020 / 免疫応答 / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Anolis carolinensis (グリーンアノール)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wang, Y. / Qu, Z. / Ma, L. / Wei, X. / Zhang, N. / Xia, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2021
タイトル: The Crystal Structure of the MHC Class I (MHC-I) Molecule in the Green Anole Lizard Demonstrates the Unique MHC-I System in Reptiles.
著者: Wang, Y. / Qu, Z. / Ma, L. / Wei, X. / Zhang, N. / Zhang, B. / Xia, C.
履歴
登録2020年8月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC CLASS I ANTIGEN
B: beta2-microglobulin
C: HIS-VAL-TYR-GLY-PRO-LEU-LYS-PRO-ILE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3423
ポリマ－45,3423
非ポリマー00
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.919, 93.690, 246.353
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-389-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MHC CLASS I ANTIGEN


分子量: 32757.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anolis carolinensis (グリーンアノール)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G1KTN1*PLUS
#2: タンパク質 beta2-microglobulin


分子量: 11559.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anolis carolinensis (グリーンアノール)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9GBW4*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド HIS-VAL-TYR-GLY-PRO-LEU-LYS-PRO-ILE


分子量: 1025.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Potassium chloride, 0.1M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.05M Sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 10% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→19.92 Å / Num. obs: 72758 / % possible obs: 76.96 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.09→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique obs: 9478 / CC1/2: 0.981 / Rpim(I) all: 0.107 / Rrim(I) all: 0.396 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GJX

5gjx


解像度: 2.5→19.92 Å / SU ML: 0.2733 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.9689
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 1556 4.92 %
Rwork0.1854 30056 -
obs0.1884 31612 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3127 0 0 106 3233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093231
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11494384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074564
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7802422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.580.31831330.22032739X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.670.30491300.21262714X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.780.31541690.21332728X-RAY DIFFRACTION99.97
2.78-2.910.26531380.2052769X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.060.31371430.20952657X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.250.26581520.20782745X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.50.27911600.19622728X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.850.2491320.17382742X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.40.23441200.16412752X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.520.1821300.14782742X-RAY DIFFRACTION99.97
5.52-19.920.1781490.18472740X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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