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万見
- PDB-7cpd: Crystal structure of T2R-TTL-(+)-6-Br-JP18 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cpd
タイトルCrystal structure of T2R-TTL-(+)-6-Br-JP18 complex
要素
  • Stathmin-4スタスミン
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
  • Tubulin tyrosine ligase
キーワードCEll CYCLE/INHIBITOR / CELL CYCLE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / nervous system development / mitotic cell cycle / 成長円錐 / 微小管 / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. ...Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G9U / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / Tubulin tyrosine ligase / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain / Stathmin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.506 Å
データ登録者Jiang, H. / Luo, C.
資金援助1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of T2R-TTL-(+)-6-Br-JP18 complex
著者: Jiang, H. / Luo, C.
履歴
登録2020年8月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin tyrosine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,23320
ポリマ－266,0846
非ポリマー3,15014
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20770 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area78680 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)104.782, 156.552, 182.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Stathmin-4 / スタスミン / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 22125.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STMN4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H169
#4: タンパク質 Tubulin tyrosine ligase


分子量: 43549.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 354分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-G9U / (6R)-6-[(6-bromanyl-1H-indol-3-yl)methyl]-6,7,8,9-tetrahydrobenzo[7]annulen-5-one


分子量: 368.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18BrNO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.29 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 6-10% PEG 4k, 4-10% glycerol, 30 mM MgCl2, 100 mM MES/Imidazole pH 6.5-6.9
PH範囲: 6.5-6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.506→49.89 Å / Num. obs: 102800 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 35.09 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 2.506→2.596 Å / Num. unique obs: 8435 / CC1/2: 0.813

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O2B

4o2b


解像度: 2.506→49.886 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 5063 5.04 %
Rwork0.183 95434 -
obs0.1859 100497 97.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.32 Å2 / Biso mean: 50.1375 Å2 / Biso min: 17.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.506→49.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16725 0 295 340 17360
Biso mean--49.09 45.49 -
残基数----2116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00817938
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9424389
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512674
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.51710777
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5061-2.53460.30711340.233243676
2.5346-2.56440.29441560.2345268483
2.5644-2.59570.30691440.2204288089
2.5957-2.62860.321380.2203295991
2.6286-2.66320.28441490.2179307094
2.6632-2.69960.26751900.2171310496
2.6996-2.73820.28891790.2099316798
2.7382-2.77910.26291850.2176316598
2.7791-2.82250.28711650.21223256100
2.8225-2.86880.29531600.2153318999
2.8688-2.91820.26561610.2091316797
2.9182-2.97130.28931490.21533269100
2.9713-3.02840.27361820.21483208100
3.0284-3.09020.28151940.20243280100
3.0902-3.15740.25481830.19833218100
3.1574-3.23080.28281690.21163236100
3.2308-3.31160.26641840.2053252100
3.3116-3.40110.28341690.20043275100
3.4011-3.50120.25341830.18883238100
3.5012-3.61420.22851550.1813283100
3.6142-3.74330.23311680.1758325299
3.7433-3.89310.19981700.1652323499
3.8931-4.07020.22091790.15613263100
4.0702-4.28470.19551850.15623298100
4.2847-4.5530.22641810.14663296100
4.553-4.90430.18551650.14273309100
4.9043-5.39730.21161800.16083327100
5.3973-6.1770.24561630.1791326397
6.177-7.77770.23091730.18133378100
7.7777-49.880.19051700.1706347898
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.3482 Å / Origin y: 43.5741 Å / Origin z: -26.133 Å
111213212223313233
T0.1134 Å2-0.0267 Å20.0029 Å2-0.2442 Å20.0403 Å2--0.3038 Å2
L0.2452 °20.0423 °2-0.1961 °2-0.756 °2-0.7176 °2--1.3454 °2
S-0.0234 Å °-0.0037 Å °0.0198 Å °-0.075 Å °0.1067 Å °0.0256 Å °0.0535 Å °-0.0767 Å °-0.0611 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 437
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 438
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 440
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 441
5X-RAY DIFFRACTION1allE6 - 141
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 378
7X-RAY DIFFRACTION1allG1
8X-RAY DIFFRACTION1allG2
9X-RAY DIFFRACTION1allH4
10X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 3
11X-RAY DIFFRACTION1allJ1 - 3
12X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 3
13X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 2
14X-RAY DIFFRACTION1allM1
15X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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